Este é o comando bp_taxonomy2treep que pode ser executado no provedor de hospedagem gratuita OnWorks usando uma de nossas várias estações de trabalho online gratuitas, como Ubuntu Online, Fedora Online, emulador online do Windows ou emulador online do MAC OS
PROGRAMA:
NOME
bp_taxonomy2tree - Construindo uma árvore taxonômica baseada nas linhagens completas de um conjunto de
nomes de espécies
DESCRIÇÃO
Este script procura os nomes das espécies fornecidas no banco de dados NCBI Taxonomy, recupera
sua linhagem completa e os coloca em uma árvore taxonômica de Newick exibida na tela.
bp_taxonomy2tree.pl -s Orangotango -s Gorila -s Chimpanzé -s Humano
bp_taxonomy2tree.pl -s Orangotango -s Gorila -s Chimpanzé -s "Homo Sapiens"
Também pode fornecer -d para especificar o diretório para armazenar arquivos de índice, -o para especificar o
localização do arquivo de nós do NCBI e -a para o arquivo de nomes do NCBI. Ou a opção -e para usar
o banco de dados de taxonomia Entrez baseado na web, se você não tiver os flatfiles NCBI instalados.
Este script requer que o pacote bioperl-run também seja instalado.
Fornecendo os arquivos nodes.dmp e names.dmp do despejo de taxonomia NCBI (consulte
Bio :: DB :: Taxonomy :: flatfile para mais informações) só é necessário na primeira execução.
Isso criará os índices locais e pode levar muito tempo. No entanto, uma vez criado,
esses índices permitirão acesso rápido para as espécies ao id do táxon OU id do táxon ao nome da espécie
pesquisas.
AUTOR - Gabriel Valente, reimplementado by Sendu Bala
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