Este é o comando cdbfasta que pode ser executado no provedor de hospedagem gratuita OnWorks usando uma de nossas várias estações de trabalho online gratuitas, como Ubuntu Online, Fedora Online, emulador online do Windows ou emulador online do MAC OS
PROGRAMA:
NOME
cdbfasta - Cria um arquivo de índice para registros de um arquivo multi-fasta.
DESCRIÇÃO
Uso:
cdbfasta [-o ] [-r ]
[-z ] [-i] [-m | -n | -f ] | -c | -C]
[-C ] [-s ] [-v]
Cria um arquivo de índice para registros de um arquivo multi-fasta. Por padrão (sem
-m/ -n / -c / -C opção), apenas o primeiro token delimitado por espaço do defline é usado
como uma chave.
é o arquivo multi-fasta a ser indexado; -o o arquivo de índice será nomeado
; se não for dado,
o nome do arquivo de índice é o nome do banco de dados mais o sufixo '.cidx'
-r uma sequência de caracteres no início da linha
marcando o início de um registro (padrão: '>')
-Q trate a entrada como formato fastq, ou seja, com '@' como delimitador de registro
e com registros esperados de ter pelo menos 4 linhas
-z banco de dados é compactado no arquivo
antes de indexar ( pode ser "-" ou "stdin" para obter a entrada
registros de stdin)
-s retire caracteres estranhos de * ao redor * do espaço delimitado
tokens, para as opções de várias teclas abaixo (-m, -n, -f); Predefinição conjunto é:
'",`. () {} / []!:; ~ |> <+ -
-m (opção "multi-key") cria entradas de hash apontando para
o mesmo registro para todos os tokens encontrados no defline
-n igual a -m, mas só leva o primeiro
tokens do defline
-f índices * espaço * tokens delimitados (campos) no defline conforme fornecido
por LISTA de campos ou intervalos de campos (a mesma sintaxe do UNIX 'cut')
-w excluir da indexação todas as palavras encontradas
no arquivo (para opções -m, -n e -k)
-i fazer indexação sem distinção entre maiúsculas e minúsculas (ou seja, criar chaves adicionais para
tokens totalmente em minúsculas usados para indexação do defline
-c para definições no formato: db1 | acessão1 | db2 | acessão2 | ...,
apenas o primeiro par de acesso do banco de dados ('db1 | acesso 1') é considerado chave
-C como -c, mas também as construções de acesso db | subsequentes são indexadas,
junto com o token completo (padrão); além disso, todos os acessos concatenados nrdb
encontrados no defline são analisados e armazenados (assumindo 0x01 ou '^ | ^' como separadores)
-a modo de adesão: como -C opção, mas indexa a 'adesão'
parte para todas as construções 'db | adesão' encontradas
-A como -a e -C juntos (ambas as adesões e 'db | adesão'
construções são usadas como chaves
-v mostrar a versão do programa e sair
Use cdbfasta online usando serviços onworks.net
