cdbyank - Online na nuvem

PROGRAMA:

NOME

cdbyank - Consulta um arquivo de índice criado com cdbfasta.

DESCRIÇÃO

Uso:
cdbyank [-d ] [-uma | -n | -l | -s]

[-o ] [-q | -Q] [- F] [-R] [-P] [-x] [-w] [-z

é o arquivo de índice criado anteriormente com cdbfasta

(geralmente tendo um sufixo ".cidx")

-a o nome da sequência (acesso) para um registro fasta ser

recuperado; se não for fornecido, uma lista de acessos é esperada em stdin

-d é o arquivo fasta do qual extrair os registros;

se não for especificado, o cdbyank irá procurar no mesmo diretório onde
reside, para um arquivo com o mesmo nome, mas sem o sufixo ".cidx"

-o os registros encontrados são gravados em arquivo em vez de stdout

-x permite a recuperação de vários registros por chave, se o indexado

banco de dados tinha registros com a mesma chave (chaves não exclusivas); (sem -x apenas um
o registro de uma determinada chave é recuperado)

-i consulta que não diferencia maiúsculas de minúsculas (espera o ter sido

criado com cdbfasta -i opção)

-Q produza a chave de consulta rodeada pelo caractere '%' antes do

registro correspondente

-q mesma -Q mas use personagem ao invés de '%'

-w habilitar avisos (enviados para stderr) quando uma chave não for encontrada

-F puxa apenas o defline para cada registro (descarta a sequência)

-P exibe apenas a (s) posição (ões) (deslocamento do arquivo) dentro do

arquivo de banco de dados, para o (s) registro (s) solicitado (s)

-R extração de intervalo de sequência: espera a entrada Ter

O formato: ' 'e puxa apenas o intervalo de sequência especificado

-z descompacte o arquivo inteiro

(assume que foi construído usando cdbfasta com a opção '-z')

-v mostrar o número da versão e sair

Estatísticas do arquivo de índice (nenhum arquivo de banco de dados necessário): -n exibir o número de registros
indexado -l liste todas as chaves armazenadas em -s exibir informações de resumo de indexação

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