Este é o comando correct_abundances que pode ser executado no provedor de hospedagem gratuita OnWorks usando uma de nossas várias estações de trabalho online gratuitas, como Ubuntu Online, Fedora Online, emulador online do Windows ou emulador online do MAC OS
PROGRAMA:
NOME
correct_abundances - execute a etapa de correção de similaridade de abundância do genoma
SINOPSE
correta_abundâncias NOMES
DESCRIÇÃO
Execute a etapa de correção de similaridade.
Nota: Embora seja possível executar os mapeadores de leitura manualmente ou para criar a semelhança
matriz manualmente, é altamente recomendável usar os scripts Python fornecidos 'run_mappers.py'
e 'create_similarity_matrix.py'.
OPÇÕES
NOMES: Nome do arquivo do arquivo de nomes; o arquivo de nomes de texto simples deve conter um nome por
linha. O nome é usado como identificador em todo o algoritmo.
-h, --Socorro
mostre esta mensagem de ajuda e saia
-m SMAT, --matriz de semelhança=SMAT
Caminho para o arquivo de matriz de similaridade. A matriz de similaridade deve ser criada com o mesmo
Arquivo NAMES. [padrão: ./similarity_matrix.npy]
-s Sam, --samfiles=SAM
Padrão apontando para os arquivos SAM criados pelo mapeador. Espaço reservado para o nome
é "% s". [padrão: ./SAM/%s.sam]
-b BOTA, --bootstrap-amostras=BOOT
Defina o número de amostras de bootstrap. Use 1 para desativar o bootstrapping [padrão: 100]
-o FORA, --resultado=OUT
Arquivo de saída de texto simples contendo os resultados. [padrão: ./results.txt]
Use correct_abundances online usando serviços onworks.net
