Este é o comando create_matrix que pode ser executado no provedor de hospedagem gratuita OnWorks usando uma de nossas várias estações de trabalho online gratuitas, como Ubuntu Online, Fedora Online, emulador online do Windows ou emulador online do MAC OS
PROGRAMA:
NOME
create_matrix - calcula a matriz de similaridade de abundância do genoma
SINOPSE
criar_matriz [opções] NOMES
DESCRIÇÃO
Calcule a matriz de similaridade.
Primeiro, um conjunto de leituras é simulado para cada genoma de referência usando um simulador de leitura de
core / tools.py especificado por meio de -s. Em segundo lugar, as leituras simuladas de cada espécie são mapeadas
contra todos os genomas de referência usando o mapeador especificado com -m. Terceiro, o resultado
Os arquivos SAM são analisados para calcular a matriz de similaridade. A matriz de similaridade é armazenada
como um arquivo numpy (-o).
OPÇÕES
NOMES Nome do arquivo do arquivo de nomes; o arquivo de nomes de texto simples deve conter um nome por
linha. O nome é usado como identificador em todo o algoritmo.
-h, --Socorro
mostre esta mensagem de ajuda e saia
-s SIMULADOR, --simulador=SIMULADOR
Identificador do simulador de leitura definido em core / tools.py [padrão: nenhum]
-r REFERÊNCIA, --referência=REF
Padrão de arquivo de sequência de referência para o simulador de leitura. O espaço reservado para o nome é
"% s". [padrão: ./ref/%s.fasta]
-m MAPEADOR, --mapeador=MAPEADOR
Identificador do mapeador definido em core / tools.py [padrão: nenhum]
-i ÍNDICE, --índice=ÍNDICE
Arquivos de índice de referência para o mapeador de leitura. O espaço reservado para o nome é "% s".
[padrão: ./ref/%s.fasta]
-t TEMPERATURA, --temperatura=TEMP
Diretório para armazenar conjuntos de dados simulados temporários e arquivos SAM. [padrão: ./temp]
-o FORA, --resultado=OUT
Arquivo de matriz de similaridade de saída. [padrão: ./similarity_matrix.npy]
Use create_matrix online usando serviços onworks.net
