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PROGRAMA:

NOME

cutadapt - página de manual para cutadapt 1.8.3

DESCRIÇÃO

cutadapt versão 1.8.3 Copyright © 2010-2015 Marcel Martin[email protegido]>

cutadapt remove sequências de adaptador de leituras de sequenciamento de alto rendimento.

Uso:
cortar adaptar -a ADAPTADOR [opções] [-o output.fastq] input.fastq

Para a emparelhado lê-se:
cortar adaptar -a ADAPT1 -A ADAPT2 [opções] -o out1.fastq -p saída2.fastq entrada1.fastq
in2.fastq

Substitua "ADAPTADOR" pela seqüência real de seu adaptador 3 '. Caracteres curinga IUPAC
são suportados. O complemento reverso * não * é pesquisado automaticamente. Todas as leituras de
input.fastq será gravado em output.fastq com a sequência do adaptador removida. Adaptador
a correspondência é tolerante a erros. Múltiplas sequências de adaptadores podem ser fornecidas (use mais -a
opções), mas apenas o adaptador mais adequado será removido.

A entrada também pode estar no formato FASTA. Há suporte para entrada e saída compactadas e
detectado automaticamente a partir do nome do arquivo (.gz, .xz, .bz2). Use o nome do arquivo '-' para padrão
entrada / saída. Sem o -o opção, a saída é enviada para a saída padrão.

Alguns de outros disponível características como:
* Vários outros tipos de adaptadores (adaptadores de 5 ', adaptadores "mistos" de 5' / 3 'etc.) *
Cortando um número fixo de bases * Corte de qualidade * Corte leituras do espaço de cores *
Filtrando leituras por vários critérios

Use "cutadapt" --Socorro"para ver todas as opções de linha de comando. Consulte
http://cutadapt.readthedocs.org/ para documentação completa.

OPÇÕES

--versão
mostrar o número da versão do programa e sair

-h, --Socorro
mostre esta mensagem de ajuda e saia

-f FORMATO, --formato=FORMATO
Formato de arquivo de entrada; pode ser 'fasta', 'fastq' ou 'sra-fastq'. Ignorado quando
lendo arquivos csfasta / qual (padrão: detecção automática da extensão do nome do arquivo).

Opções que influenciam como os adaptadores são encontrados:

Cada um dos três parâmetros a seguir (-a, -b, -g) pode ser usado várias vezes e
em qualquer combinação para procurar um conjunto completo de adaptadores de possivelmente diferentes
tipos. Apenas o melhor adaptador correspondente é cortado a partir de cada leitura (mas veja o
- vezes opção). Em vez de fornecer um adaptador diretamente, você também pode escrever
arquivo: FILE e as sequências do adaptador serão lidas do FILE fornecido (que deve ser
no formato FASTA).

-a ADAPTADOR, --adaptador=ADAPTADOR
Sequência de um adaptador que foi ligado à extremidade 3 '. O próprio adaptador e
tudo o que se segue é cortado. Se a sequência do adaptador terminar com '$'
caractere, o adaptador é ancorado no final da leitura e apenas encontrado se for um
sufixo da leitura.

-g ADAPTADOR, --frente=ADAPTADOR
Sequência de um adaptador que foi ligado à extremidade 5 '. Se a sequência do adaptador
começa com o caractere '^', o adaptador é 'ancorado'. Um adaptador ancorado deve
aparecem em sua totalidade no final 5 'da leitura (é um prefixo da leitura). UMA
adaptador não ancorado pode aparecer parcialmente na extremidade 5 ', ou pode ocorrer dentro do
leitura. Se for encontrado dentro de uma leitura, a sequência que precede o adaptador também é
aparado. Em todos os casos, o próprio adaptador é cortado.

-b ADAPTADOR, --em qualquer lugar=ADAPTADOR
Sequência de um adaptador que foi ligado à extremidade 5 'ou 3'. Se o adaptador for
encontrado dentro da leitura ou sobrepondo a extremidade 3 'da leitura, o comportamento é o
o mesmo que para o -a opção. Se o adaptador se sobrepõe à extremidade 5 '(início do
ler), a parte inicial da leitura correspondente ao adaptador é cortada, mas
qualquer coisa que se segue é mantida.

-e TAXA DE ERRO, --taxa de erro=TAXA DE ERRO
Taxa de erro máxima permitida (número de erros dividido pelo comprimento da correspondência
região) (padrão: 0.1)

--sem indels
Não permitir indels nos alinhamentos (permitir apenas incompatibilidades). Atualmente apenas
com suporte para adaptadores ancorados. (padrão: permitir incompatibilidades e indels)

-n CONTAR, - vezes=CONTAGEM
Tente remover os adaptadores no máximo COUNT vezes. Útil quando um adaptador é anexado
várias vezes (padrão: 1).

-O COMPRIMENTO, --sobreposição=COMPRIMENTO
Comprimento mínimo de sobreposição. Se a sobreposição entre a leitura e o adaptador for mais curta
do que LENGTH, a leitura não é modificada. Isso reduz o não. de bases aparadas puramente
devido a correspondências curtas e aleatórias do adaptador (padrão: 3).

--match-read-curingas
Permitir caracteres curinga IUPAC em leituras (padrão: False).

-N, - caracteres curinga do adaptador sem correspondência
Não interprete curingas IUPAC em adaptadores.

Opções para filtragem de leituras processadas:

--descartar-cortado, --descartar
Descarte as leituras que contêm o adaptador em vez de cortá-las. Também use -O in
a fim de evitar o desperdício de muitas leituras correspondentes aleatoriamente!

--discard-untrimmed, --somente aparado
Descarte leituras que não contenham o adaptador.

-m COMPRIMENTO, --Comprimento mínimo=COMPRIMENTO
Descarte as leituras cortadas que são menores que LENGTH. Leituras que são muito curtas mesmo
antes da remoção do adaptador também são descartados. No espaço de cores, um primer inicial não é
contado (padrão: 0).

-M COMPRIMENTO, --comprimento máximo=COMPRIMENTO
Descarte as leituras cortadas maiores que LENGTH. Leituras que são muito longas mesmo
antes da remoção do adaptador também são descartados. No espaço de cores, um primer inicial não é
contado (padrão: sem limite).

--sem corte
Corresponda e redirecione as leituras para a saída / saída não ajustada como de costume, mas não remova
adaptadores.

--max-n=COMPRIMENTO
A proporção máxima de N permitidos em uma leitura. Um número <1 será tratado como um
proporção, enquanto um número> 1 será tratado como o número máximo de N's
contido.

--adaptador de máscara
Mascare os adaptadores com caracteres 'N' em vez de cortá-los.

Opções que influenciam o que leva a saída para onde:

--quieto
Não imprima um relatório no final.

-o ARQUIVO, --resultado=ARQUIVO
Grave leituras modificadas em FILE. O formato FASTQ ou FASTA é escolhido dependendo da entrada.
O relatório de resumo é enviado para a saída padrão. Use '{name}' em FILE para demultiplexar
lê em vários arquivos. (padrão: as leituras cortadas são gravadas na saída padrão)

--info-arquivo=ARQUIVO
Grave informações sobre cada leitura e suas correspondências de adaptador em FILE. Veja o
documentação para o formato do arquivo.

-r ARQUIVO, --rest-arquivo=ARQUIVO
Quando o adaptador corresponder no meio de uma leitura, escreva o resto (após o
adaptador) em FILE.

--arquivo curinga=ARQUIVO
Quando o adaptador tem bases curinga ('N's), escreva as bases do adaptador correspondentes ao curinga
posições para FILE. Quando há indels no alinhamento, isso muitas vezes não será
preciso.

- saída muito curta=ARQUIVO
Leituras de gravação que são muito curtas (de acordo com o comprimento especificado por -m) arquivar.
(padrão: descartar leituras)

- saída muito longa=ARQUIVO
Escreva leituras que são muito longas (de acordo com o comprimento especificado por -M) arquivar.
(padrão: descartar leituras)

--untrimed-output=ARQUIVO
Leituras de gravação que não contêm o adaptador para FILE. (padrão: saída para o mesmo arquivo
como leituras cortadas)

Modificações adicionais nas leituras:

-u COMPRIMENTO, --cortar=COMPRIMENTO
Remova as bases LENGTH do início ou do final de cada leitura. Se LENGTH for positivo,
as bases são removidas no início de cada leitura. Se LENGTH for negativo, o
as bases são removidas do final de cada leitura. Esta opção pode ser especificada duas vezes se
os COMPRIMENTOS têm sinais diferentes.

-q [5'CUTOFF,] 3'CUTOFF, - corte de qualidade=[5'CORTE,] 3' CORTE
Apare as bases de baixa qualidade nas extremidades de 5 'e / ou 3' das leituras antes da remoção do adaptador. Se
um valor é fornecido, apenas a extremidade 3 'é cortada. Se dois pontos de corte separados por vírgula forem
dado, a extremidade 5 'é aparada com o primeiro corte, a extremidade 3' com o segundo. o
o algoritmo é o mesmo usado pelo BWA (consulte a documentação). (padrão: não
aparar)

- base de qualidade=QUALITY_BASE
Suponha que os valores de qualidade sejam codificados como ascii (qualidade + QUALITY_BASE). o
o padrão (33) é geralmente correto, exceto para leituras produzidas por algumas versões do
Pipeline Illumina, onde deve ser definido como 64. (Padrão: 33)

--trim-n
Corte N's nas extremidades das leituras.

-x PREFIXO, --prefixo=PREFIXO
Adicione este prefixo para ler os nomes

-y SUFIXO, --sufixo=SUFIXO
Adicione este sufixo para ler os nomes

--strip-sufixo=STRIP_SUFFIX
Remova este sufixo dos nomes lidos, se houver. Pode ser dado várias vezes.

-c, --espaço colorido
Modo espaço de cor: também apara a cor adjacente ao adaptador encontrado.

-d, --duplo-codificar
Quando no espaço de cores, codifique as cores duplamente (mapear 0,1,2,3,4 para A, C, G, T, N).

-t, --trim-primer
Quando no espaço de cores, apare a base do primer e a primeira cor (que é a transição
para o primeiro nucleotídeo)

--tira-f3
Para espaço de cores: retire o sufixo _F3 dos nomes lidos

--maq, --bwa
Saída de espaço de cores compatível com MAQ e BWA. Isso permite -c, -d, -t, --tira-f3 e
-y '/ 1'.

--tag de comprimento=TAG
Pesquise TAG seguido por um número decimal no campo de descrição da leitura.
Substitua o número decimal pelo comprimento correto da leitura aparada. Para
exemplo, use --tag de comprimento 'comprimento =' para corrigir campos como 'comprimento = 123'.

--sem limite zero
Não altere os valores de qualidade negativos para zero. Valores de qualidade do espaço de cores de -1
apareceria como espaços no arquivo FASTQ de saída. Uma vez que muitas ferramentas têm problemas
com isso, as qualidades negativas são convertidas em zero ao cortar os dados do espaço de cores.
Use esta opção para manter as qualidades negativas.

-z, - zero-cap
Altere os valores de qualidade negativos para zero. Isso é habilitado por padrão quando
-c/ - o espaço de cores também está habilitado. Use a opção acima para desativá-lo.

Opções de terminais emparelhados:

A -A/ -G / -B / -U opções funcionam como seus -a/ -b / -g / -u contrapartes.

-A ADAPTADOR
Adaptador de 3 'a ser removido da segunda leitura em um par.

-G ADAPTADOR
Adaptador de 5 'a ser removido da segunda leitura em um par.

-B ADAPTADOR
5 '/ 3 adaptador a ser removido da segunda leitura em um par.

-U COMPRIMENTO
Remova as bases LENGTH do início ou do final de cada leitura (ver --cortar).

-p ARQUIVO, - saída pareada=ARQUIVO
Grava a segunda leitura em um par em FILE.

--untrimmed-pair-output=ARQUIVO
Grave a segunda leitura em um par neste ARQUIVO quando nenhum adaptador for encontrado no primeiro
leitura. Use esta opção junto com --untrimed-output ao cortar emparelhado final
lê. (Padrão: saída para o mesmo arquivo que as leituras cortadas.)

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