Este é o comando fastx_clipper que pode ser executado no provedor de hospedagem gratuita OnWorks usando uma de nossas várias estações de trabalho online gratuitas, como Ubuntu Online, Fedora Online, emulador online do Windows ou emulador online do MAC OS
PROGRAMA:
NOME
fastx_clipper - FASTA / Q Clipper
DESCRIÇÃO
uso: fastx_clipper [-h] [-a ADAPTADOR] [-D] [-l N] [-n] [-d N] [-c] [-C] [-o] [-v] [-z]
[-i INFILE] [-o OUTFILE] Parte do FASTX Toolkit 0.0.14 por A. Gordon ([email protegido])
[-h] = Esta tela de ajuda útil.
[-a ADAPTADOR] = string ADAPTADOR. o padrão é CCTTAAGG (adaptador fictício). [-l N] =
descartar sequências mais curtas do que N nucleotídeos. o padrão é 5. [-d N] = Manter
o adaptador e N bases depois dele.
(usar '-d 0' é o mesmo que não usar '-d'. que é o padrão).
[-c] = Descartar sequências não cortadas (ou seja - manter apenas sequências que continham o
adaptador).
[-C] = Descartar sequências cortadas (ou seja - manter apenas sequências que não continham o
adaptador).
[-k] = Reporta sequências apenas do adaptador.
[-n] = manter sequências com nucleotídeos desconhecidos (N). o padrão é descartar tal
sequências.
[-v] = Detalhado - relata o número de sequências.
Se [-o] for especificado,
o relatório será impresso em STDOUT.
Se [-o] não for especificado (e a saída vai para STDOUT), o relatório será impresso para
STDERR.
[-z] = Comprimir saída com GZIP.
[-D] = saída DEBUG.
[-MN] = requer comprimento mínimo de alinhamento do adaptador de N.
Se houver menos de N nucleotídeos alinhados com o adaptador - não o corte.
[-i INFILE] = arquivo de entrada FASTA / Q. o padrão é STDIN.
[-o OUTFILE] = arquivo de saída FASTA / Q. o padrão é STDOUT.
Use fastx_clipper online usando serviços onworks.net
