formatdb - Online na nuvem

PROGRAMA:

NOME

formatdb - formato de banco de dados de proteínas ou nucleotídeos para BLAST

SINOPSE

formatodb [-] [-B nome do arquivo] [-F nome do arquivo] [-L nome do arquivo] [-T nome do arquivo] [-V] [-a] [-b] [-e]
[-i nome do arquivo] [-l nome do arquivo] [-n str] [-o] [-p F] [-s] [-t str] [-v N]

DESCRIÇÃO

formatodb deve ser usado para formatar bancos de dados de fonte de proteína ou nucleotídeo antes
esses bancos de dados podem ser pesquisados ​​por blastall, blastpgp ou MegaBLAST. O banco de dados de origem
pode estar no formato FASTA ou ASN.1. Embora o formato FASTA seja mais frequentemente usado como
entrada para formatodb, o uso de ASN.1 é vantajoso para aqueles que estão usando ASN.1 como o
fonte comum para outros formatos, como o relatório do GenBank. Uma vez que um arquivo de banco de dados de origem
foi formatado por formatodb não é necessário para o BLAST. Por favor, note que se você for
vai aplicar atualizações periódicas em seus bancos de dados BLAST usando fundir(1), você precisará
mantenha o arquivo de banco de dados de origem.

OPÇÕES

Um resumo das opções está incluído abaixo.

- Imprimir mensagem de uso

-B nome do arquivo
Gifile binário produzido a partir do Gifile especificado por -F. Esta opção especifica o
nome de um arquivo de lista GI binário. Esta opção deve ser usada com o -F opção. UMA
lista GI de texto pode ser especificada com o -F opção e -B opção irá produzir
essa lista GI em formato binário. O arquivo binário é menor e o BLAST não precisa
para convertê-lo, para que possa ser lido mais rapidamente.

-F nome do arquivo
Gifile (arquivo contendo lista de gi's) para uso com -B or -L

-L nome do arquivo
Crie um arquivo de alias chamado nome do arquivo, limitando as sequências pesquisadas àquelas
especificado por -F.

-T nome do arquivo
Defina os IDs de taxonomia nas definições ASN.1 de acordo com a tabela em nome do arquivo.

-V Detalhado: verifique se há ids de string não exclusivos no banco de dados

-a O arquivo de entrada é o banco de dados no formato ASN.1 (caso contrário, FASTA é esperado)

-b O banco de dados ASN.1 é binário (em oposição ao texto ASCII)

-e A entrada é uma entrada Seq. Um banco de dados ASN.1 de origem (texto ascii ou binário) pode
conter um conjunto Bioseq ou apenas um Bioseq. No último caso -e deve ser fornecido.

-i nome do arquivo
Arquivo (s) de entrada para formatação

-l nome do arquivo
Nome do arquivo de log (padrão = formatodb.log)

-n str Nome de base para arquivos BLAST (o padrão é o nome do arquivo FASTA original)

-o Analise SeqID e crie índices. Se o banco de dados de origem estiver no formato FASTA, o
identificadores de banco de dados na linha de definição FASTA devem seguir as convenções de
o FASTA Defline Format.

-p F A entrada é um nucleotídeo, não uma proteína.

-s Indexar apenas por acesso, não por locus. Isso é especialmente útil para conjuntos de sequência
como os ESTs em que os nomes de acesso e locus são idênticos. Formatdb roda
mais rápido e produz arquivos temporários menores se esta opção for usada. É fortemente
recomendado para EST's, STS's, GSS's e HTGS's.

-t str Título para o arquivo de banco de dados [String]

-v N Divida grandes arquivos FASTA em `volumes 'de tamanho N milhões de cartas (4000 por
predefinição). Como parte da criação de um volume, formatodb escreve um novo tipo de BLAST
arquivo de banco de dados, chamado de arquivo alias, com a extensão `nal 'ou` pal'.

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