Este é o comando gbrowse_import_ucsc_db que pode ser executado no provedor de hospedagem gratuita OnWorks usando uma de nossas várias estações de trabalho online gratuitas, como Ubuntu Online, Fedora Online, emulador online do Windows ou emulador online do MAC OS
PROGRAMA:
NOME
browse_import_ucsc_db - Cria uma fonte de dados do framework
DESCRIÇÃO
Isso cria uma fonte de dados de estrutura para um dos genomas conhecidos do Genoma UCSC
Navegador. Você pode então modificar o arquivo de configuração da fonte de dados, adicionar seus próprios dados e assim
adiante. Forneça o nome de uma construção do genoma UCSC e, opcionalmente, uma descrição para exibir em
GNavegar.
Para começar, encontre a fonte de dados desejada acessando http://genome.ucsc.edu/cgi-
bin / hgGateway e usando os menus "clado" e "genoma" para navegar até a espécie desejada
e número de compilação. Você encontrará o nome da fonte de dados na caixa azul abaixo do painel de navegação
controles. Procure algo assim:
D. melanogaster Genome Browser - dm3 assembly (sequências)
O nome da fonte de dados aparece antes da palavra "assembly", neste caso "dm3".
USO
[opções] [ ]
OPÇÕES
Para obter uma lista de todas as fontes reconhecidas pelo UCSC aparece digite:
browser_import_ucsc_db --list
opções:
--remove-chr Remove o prefixo 'chr' de todos os nomes de cromossomos
--list Listar fontes de dados
EXEMPLO
Exemplo: $ 0 hg19 'Genoma humano (hg19)'
Use gbrowse_import_ucsc_db online usando serviços onworks.net
