Este é o comando getcds.pl que pode ser executado no provedor de hospedagem gratuita OnWorks usando uma de nossas várias estações de trabalho online gratuitas, como Ubuntu Online, Fedora Online, emulador online do Windows ou emulador online do MAC OS
PROGRAMA:
NOME
getcds.pl - extração de CDS de vários formatos de anotação
SINOPSE
getcds.pl [opções] arquivo de entrada [arquivo de saída] [arquivo de entrada [arquivo de saída] ...]
OPÇÕES
As opções incluem:
redirect => Habilite um redirecionamento em tempo de execução. explicado abaixo.
force => permite gravar arquivos .cds vazios
Se [arquivo de saída] não for especificado, "[arquivo de entrada] .cds" será usado.
Há muita magia negra que pode ser executada com arquivos .redirect. Redirecionados são usados
para modificar o comportamento normal e pode ser aplicado em uma base global (um arquivo .redirect em
o mesmo diretório que [arquivo de entrada]), e / ou por entrada ([arquivo de entrada] .redirecionar).
Os redirecionamentos são lidos nessa ordem, de modo que os efeitos por entrada sejam aplicados no topo do global
efeitos.
Se você deixou o nome do arquivo como está desde um download do Ensembl, o banco de dados Ensembl apropriado
a fonte será adivinhada automaticamente.
Possíveis redirecionamentos:
CDS - altera o tipo de tag pesquisado ao executar em arquivos bioperl (o padrão é CDS)
deslocamento - adiciona algum valor a todas as coordenadas
+ bioperl - além de qualquer outro dado baseado em redirecionamento, também extrai anotações via bioperl
(usando um analisador de bioperl de desabilitação direta por padrão)
ensembl_build - captura dados do ensembl (no esquema especificado)
ucsc_build - captura dados de (no esquema especificado)
murasaki_synth - sintetiza dados de anotação para cada âncora de um alinhamento (se este for
um diretório, então cada arquivo de entrada (por exemplo, input.lav) é verificado para um .anchors correspondente
arquivo (por exemplo, input.anchors).
primária - o que tipo de tags para criar a partir de dados coletados de dados externos (por exemplo:
ensembl, ucsc ou murasaki). o padrão é o mesmo que o redirecionamento de cds.
cromossomo - força um cromossomo específico em vez de derivar do nome do arquivo
gtf - extrai anotação de um arquivo .gtf
Use getcds.pl online usando serviços onworks.net
