gmap_build - Online na nuvem

PROGRAMA:

NOME

gmap_build - Ferramenta para criação de banco de dados de genoma para GMAP ou GSNAP

SINOPSE

gmap_build [opções...] -d

DESCRIÇÃO

gmap_build: Constrói um banco de dados gmap para um genoma a ser usado pelo GMAP ou GSNAP. Parte do GMAP
pacote, versão 2015-12-31.

Uma alternativa simplificada ao uso do programa gmap_setup, que cria um Makefile.

OPÇÕES

-D, --dir=STRING
Diretório de destino para instalação (o padrão é o diretório gmapdb especificado em
configurar tempo)

-d, --db=STRING
Nome do genoma

-n, --nomes=STRING
Nomes substitutos para cromossomos, fornecidos em um arquivo. O arquivo deve ter um
linha para cada nome de cromossomo a ser alterado, com o nome FASTA original na coluna
1 e o nome do cromossomo desejado na coluna 2. Isso fornece uma maneira fácil de alterar
os nomes dos cromossomos, por exemplo, para adicionar ou remover o prefixo "chr". Coluna 2
pode estar em branco, o que indica que não houve mudança de nome. Este arquivo também pode ser combinado com
--ordenar=nomes para fornecer uma ordem particular para os cromossomos no índice do genoma.

-M, --mdflag=STRING
Use o arquivo MD do NCBI para mapear contigs para coordenadas cromossômicas

-C, --contigs-são-mapeados
Encontre uma região cromossômica em cada linha do cabeçalho FASTA. Útil para contigs que têm
foi mapeado para coordenadas cromossômicas. Ignorado se o --mdflag é fornecido.

-z, --compressão=STRING
Use os tipos de compressão fornecidos (separados por vírgulas; o padrão é bitpack64) bitpack64 -
otimizado para computadores modernos com instruções SIMD (recomendado) todos - criar
todos os tipos de compressão disponíveis, atualmente bitpack64 nenhum - não comprimir deslocamento
arquivos (acredito que não seja mais compatível)

-k, --km=INT
valor k-mer para o índice genômico (permitido: 15 ou menos, o padrão é 15)

-q Intervalo de amostragem INT para genomoe (permitido: 1-3, padrão 3)

-s, --ordenar=STRING
Classifique os cromossomos usando o método dado: nenhum - use os cromossomos encontrados em FASTA
arquivo (s) alfa - classificar os cromossomos em ordem alfabética (chr10 antes de chr 1) alfa-numérico
- chr1, chr1U, chr2, chrM, chrU, chrX, chrY cromo - chr1, chr2, chrM, chrX, chrY,
nomes chr1U, chrU - classifica os cromossomos com base no arquivo fornecido para --nomes bandeira

-g, --gunzip
Os arquivos são compactados com gzip, portanto, é necessário compactar cada arquivo primeiro

-E, --fasta-pipe=STRING
Interprete o argumento como um comando, em vez de uma lista de arquivos FASTA

-w INT Aguarde (hiberne) tantos segundos após cada etapa (padrão 2)

-c, --circular=STRING
Cromossomos circulares (uma lista de cromossomos separados por uma vírgula ou um
nome do arquivo contendo cromossomos circulares, um por linha). Se você usar o --nomes
característica, então você deve usar o nome original do cromossomo, não o
substitua o nome, para esta opção.

-e, --nmessages=INT
Número máximo de mensagens (avisos, relatórios de contig) para relatar (padrão 50)

--build-sarray=INT
Se deve construir matriz de sufixo: 0 = não, 1 = sim (padrão)

Obsoleto opções:
-T STRING
Diretório temporário de construção (pode ser necessário especificar se você ficar sem espaço em seu
diretório atual) Isso não é mais necessário, uma vez que gmap_build agora constrói
diretamente no destino (ou -D) diretório.

Outras ferramentas do pacote GMAP estão localizadas em / usr / lib / gmap

Use gmap_build online usando serviços onworks.net