ângulo gmx - Online na nuvem

PROGRAMA:

NOME

ângulo gmx - Calcular distribuições e correlações para ângulos e diédricos

SINOPSE

ângulo gmx [-f [<.xtc / .trr / ...>]] [-n [<.ndx>]] [-od [<.xvg>]]
[-ov [<.xvg>]] [-do [<.xvg>]] [-ot [<.xvg>]] [-Oh [<.xvg>]]
[-oc [<.xvg>]] [Ou [<.trr>]] [-b ] [-e ]
[-DT ] [-[agora] [-xvg ] [-Tipo ]
[-[não todos] [-largura do compartimento ] [- [não] periódico]
[- [não] chandler] [- [não] avercorr] [-acflen ]
[- [não] normalizar] [-P ] [-fitfn ]
[-começar ] [-endfit ]

DESCRIÇÃO

gmx ângulo calcula a distribuição de ângulos para vários ângulos ou diédricos.

com a opção -ov, você pode representar graficamente o ângulo médio de um grupo de ângulos em função de
Tempo. Com o -todos opção, o primeiro gráfico é a média e o resto são os indivíduos
ângulos.

Com o -do opção, gmx ângulo também calcula a fração de diédricos trans (apenas para
diédricos) em função do tempo, mas isso provavelmente só é divertido para alguns poucos selecionados.

com a opção -oc, uma função de correlação diédrica é calculada.

Deve-se notar que o arquivo de índice deve conter trigêmeos atômicos para ângulos ou átomos
quádruplos para diedros. Se não for esse o caso, o programa irá travar.

com a opção Ou, um arquivo de trajetória é despejado contendo cos e sin do diedro selecionado
ângulos, que posteriormente podem ser usados ​​como entrada para uma análise de componentes principais usando
gmx covar.

Opção -ot plotagens quando ocorrem transições entre rotâmeros diédricos de multiplicidade 3 e
-Oh registra um histograma dos tempos entre essas transições, assumindo a entrada
quadros de trajetória são igualmente espaçados no tempo.

OPÇÕES

Opções para especificar arquivos de entrada:

-f [<.xtc / .trr / ...>] (traj.xtc)
Trajetória: xtc tr CPT gro g96 pdb tng

-n [<.ndx>] (ângulo.ndx)
Arquivo de índice

Opções para especificar arquivos de saída:

-od [<.xvg>] (angdist.xvg)
arquivo xvgr / xmgr

-ov [<.xvg>] (angaver.xvg) (Opcional)
arquivo xvgr / xmgr

-do [<.xvg>] (dihfrac.xvg) (Opcional)
arquivo xvgr / xmgr

-ot [<.xvg>] (dihtrans.xvg) (Opcional)
arquivo xvgr / xmgr

-Oh [<.xvg>] (tristo.xvg) (Opcional)
arquivo xvgr / xmgr

-oc [<.xvg>] (dihcorr.xvg) (Opcional)
arquivo xvgr / xmgr

Ou [<.trr>] (traj.trr) (Opcional)
Trajetória em formato xdr portátil

Outras opções:

-b (0)
Primeiro quadro (ps) para ler a trajetória

-e (0)
Último quadro (ps) para ler a trajetória

-DT (0)
Use o quadro apenas quando t MOD dt = primeira vez (ps)

-[agora (no)
Ver saída .xvg, .xpm, .eps e .pdb arquivos

-xvg
formatação do gráfico xvg: xmgrace, xmgr, nenhum

-Tipo (ângulo)
Tipo de ângulo a ser analisado: ângulo, diedro, impróprio, ryckaert-bellemans

-[não todos (no)
Plote todos os ângulos separadamente no arquivo de médias, na ordem em que aparecem no
arquivo de índice.

-largura do compartimento (1)
largura bin (graus) para calcular a distribuição

- [não] periódico (sim)
Imprimir ângulos diédricos módulo 360 graus

- [não] chandler (no)
Use a função de correlação de Chandler (N [trans] = 1, N [gauche] = 0) em vez de cosseno
função de correlação. Trans é definido como phi <-60 ou phi> 60.

- [não] avercorr (no)
Faça a média das funções de correlação para os ângulos / diédricos individuais

-acflen (-1)
Comprimento do ACF, o padrão é metade do número de quadros

- [não] normalizar (sim)
Normalizar ACF

-P (0)
Ordem do polinômio de Legendre para ACF (0 indica nenhum): 0, 1, 2, 3

-fitfn (Nenhum)
Função de ajuste: nenhum, exp, exp_exp, exp_exp, exp5, exp7, exp9

-começar (0)
Hora de começar o ajuste exponencial da função de correlação

-endfit (-1)
Momento em que terminar o ajuste exponencial da função de correlação, -1 é até o
final

CONHECIDO QUESTÕES

· Contar transições só funciona para diedros com multiplicidade 3

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