gmx-chi - Online na nuvem

PROGRAMA:

NOME

gmx-chi - Calcule tudo o que você quer saber sobre chi e outros diedros

SINOPSE

gmx chi [-s [<.gro / .g96 / ...>]] [-f [<.xtc / .trr / ...>]] [-ss [<.dat>]]
[-o [<.xvg>]] [-p [<.pdb>]] [-jc [<.xvg>]] [-corr [<.xvg>]]
[-g [<.log>]] [-ot [<.xvg>]] [-Oh [<.xvg>]] [-rt [<.xvg>]]
[-cp [<.xvg>]] [-b ] [-e ] [-DT ] [-[agora]
[-xvg ] [-r0 ] [- [não] phi] [- [não] psi] [- [não] ômega]
[- [no] rama] [- [não] viol] [- [não] periódico] [-[não todos] [- [não] rad]
[- [não] turno] [-largura do compartimento ] [-core_rotamer ]
[-maxchi ] [- [não] normhisto] [- [não] ramomega]
[-bfato ] [- [não] chi_prod] [- [não] HChi] [-bmax ]
[-acflen ] [- [não] normalizar] [-P ] [-fitfn ]
[-começar ] [-endfit ]

DESCRIÇÃO

gmx chi calcula os diédricos phi, psi, ômega e chi para todos os seus aminoácidos e
correntes laterais. Ele pode calcular o ângulo diedro em função do tempo e como um histograma
distribuições. As distribuições (histo- (diedro) (RESÍDUO) .xvg) são cumulativos em geral
resíduos de cada tipo.

Se opção -corr for fornecido, o programa calculará as funções de autocorrelação diédrica.
A função usada é C (t) = . O uso de cossenos, em vez
do que os próprios ângulos, resolve o problema da periodicidade. (Van der Spoel e Berendsen
(1997), Biophys. J. 72, 2032-2041). Arquivos separados para cada diedro de cada resíduo
(corr (diedro) (RESÍDUO) (nresnr) .xvg) são produzidos, bem como um arquivo contendo o
informação para todos os resíduos (argumento de -corr).

com a opção -todos, os próprios ângulos em função do tempo para cada resíduo são impressos
separar arquivos (diedro) (RESÍDUO) (nresnr) .xvg. Eles podem ser em radianos ou graus.

Um arquivo de log (argumento -g) também está escrito. Este contém

· Informações sobre a quantidade de resíduos de cada tipo.

· As constantes de acoplamento NMR ^ 3J da equação de Karplus.

· Uma tabela para cada resíduo do número de transições entre rotâmeros por
nanossegundo e o parâmetro de ordem S ^ 2 de cada diedro.

· Uma tabela para cada resíduo da ocupação do rotamer.

Todos os rotâmeros são considerados 3 vezes, exceto para ômega e diédricos qui para grupos planares
(ou seja, chi_2 de aromáticos, Asp e Asn; chi_3 de Glu e Gln; e chi_4 de Arg), que são
2 vezes. "rotâmero 0" significa que o diedro não estava na região central de cada rotâmero.
A largura da região central pode ser definida com -core_rotamer

Os parâmetros da ordem S ^ 2 também são enviados para um .xvg arquivo (argumento -o ) e opcionalmente como
a .pdb arquivo com os valores S ^ 2 como fator B (argumento -p) O número total de rotamer
transições por intervalo de tempo (argumento -ot), o número de transições por rotamer (argumento
-rt), e os acoplamentos ^ 3J (argumento -jc), também pode ser escrito para .xvg arquivos. Observe que
a análise das transições do rotamer assume que os quadros de trajetória fornecidos são
igualmente espaçados no tempo.

If -chi_prod está definido (e -maxchi > 0), rotâmeros cumulativos, por exemplo
1 + 9 (chi_1-1) +3 (chi_2-1) + (chi_3-1) (se o resíduo tiver três diédricos de 3 vezes e -maxchi
> = 3) são calculados. Como antes, se algum diedro não estiver na região do núcleo, o rotâmero é
considerado como sendo 0. As ocupações desses rotâmeros cumulativos (começando com rotâmero 0) são
escrito no arquivo que é o argumento de -cpe se o -todos bandeira é dada, o
rotâmeros como funções do tempo são escritos para chiproduct (RESIDUE) (nresnr) .xvg e seus
ocupações para histo-quiproduto (RESÍDUO) (nresnr) .xvg.

A opção -r gera um gráfico de contorno do ângulo ômega médio em função do phi
e ângulos psi, ou seja, em um gráfico de Ramachandran, o ângulo ômega médio é traçado usando
codificação de cores.

OPÇÕES

Opções para especificar arquivos de entrada:

-s [<.gro / .g96 / ...>] (conf.gro)
Arquivo de estrutura: gro g96 pdb bre ent esp tpr

-f [<.xtc / .trr / ...>] (traj.xtc)
Trajetória: xtc tr CPT gro g96 pdb tng

-ss [<.dat>] (ssdump.dat) (Opcional)
Arquivo de dados genéricos

Opções para especificar arquivos de saída:

-o [<.xvg>] (pedido.xvg)
arquivo xvgr / xmgr

-p [<.pdb>] (pedido.pdb) (Opcional)
Arquivo de banco de dados de proteínas

-jc [<.xvg>] (Jcoupling.xvg)
arquivo xvgr / xmgr

-corr [<.xvg>] (dihcorr.xvg) (Opcional)
arquivo xvgr / xmgr

-g [<.log>] (chi.log)
Arquivo de log

-ot [<.xvg>] (dihtrans.xvg) (Opcional)
arquivo xvgr / xmgr

-Oh [<.xvg>] (tristo.xvg) (Opcional)
arquivo xvgr / xmgr

-rt [<.xvg>] (restrans.xvg) (Opcional)
arquivo xvgr / xmgr

-cp [<.xvg>] (chiprodisto.xvg) (Opcional)
arquivo xvgr / xmgr

Outras opções:

-b (0)
Primeiro quadro (ps) para ler a trajetória

-e (0)
Último quadro (ps) para ler a trajetória

-DT (0)
Use o quadro apenas quando t MOD dt = primeira vez (ps)

-[agora (no)
Ver saída .xvg, .xpm, .eps e .pdb arquivos

-xvg
formatação do gráfico xvg: xmgrace, xmgr, nenhum

-r0 (1)
resíduo inicial

- [não] phi (no)
Saída para ângulos phi diédricos

- [não] psi (no)
Saída para ângulos diédricos psi

- [não] ômega (no)
Saída para diedros ômega (ligações peptídicas)

- [no] rama (no)
Gerar gráficos phi / psi e chi_1 / chi_2 Ramachandran

- [não] viol (no)
Escreva um arquivo que forneça 0 ou 1 para ângulos Ramachandran violados

- [não] periódico (sim)
Imprimir ângulos diédricos módulo 360 graus

-[não todos (no)
Produza arquivos separados para cada diedro.

- [não] rad (no)
em arquivos de ângulo versus tempo, use radianos em vez de graus.

- [não] turno (no)
Calcular mudanças químicas de ângulos phi / psi

-largura do compartimento (1)
largura do compartimento para histogramas (graus)

-core_rotamer (0.5)
apenas o central -core_rotamer* (360 / multiplicidade) pertence a cada rotamer (o resto
é atribuído ao rotamer 0)

-maxchi (0)
calcular os primeiros diédricos ndih chi: 0, 1, 2, 3, 4, 5, 6

- [não] normhisto (sim)
Normalizar histogramas

- [não] ramomega (no)
calcular ômega médio como uma função de phi / psi e representá-lo em um .xpm enredo

-bfato (-1)
Valor do fator B para .pdb arquivo para átomos sem parâmetro de ordem diédrica calculado

- [não] chi_prod (no)
computar um único rotâmero cumulativo para cada resíduo

- [não] HChi (no)
Inclui diedros para hidrogênios de cadeia lateral

-bmax (0)
Fator B máximo em qualquer um dos átomos que compõem um diedro, para o diedro
ângulo a ser considerado nas estatísticas. Aplica-se ao trabalho de banco de dados onde uma série de
As estruturas de raios-X são analisadas. -bmax <= 0 significa sem limite.

-acflen (-1)
Comprimento do ACF, o padrão é metade do número de quadros

- [não] normalizar (sim)
Normalizar ACF

-P (0)
Ordem do polinômio de Legendre para ACF (0 indica nenhum): 0, 1, 2, 3

-fitfn (Nenhum)
Função de ajuste: nenhum, exp, exp_exp, exp_exp, exp5, exp7, exp9

-começar (0)
Hora de começar o ajuste exponencial da função de correlação

-endfit (-1)
Momento em que terminar o ajuste exponencial da função de correlação, -1 é até o
final

CONHECIDO QUESTÕES

· Produz MUITOS arquivos de saída (até cerca de 4 vezes o número de resíduos na proteína,
duas vezes mais se as funções de autocorrelação forem calculadas). Normalmente, várias centenas de arquivos
são produzidos.

· Os diédricos phi e psi são calculados de uma forma não padrão, usando HN-CA-C para phi
em vez de C (-) - N-CA-C, e N-CA-CO para psi em vez de N-CA-CN (+). Isso faz com que
(geralmente pequenas) discrepâncias com a saída de outras ferramentas como gmx rama.

· -r0 opção não funciona corretamente

· Rotâmeros com multiplicidade 2 são impressos em chi.log como se tivessem multiplicidade 3, com
o terceiro (g (+)) sempre tendo probabilidade 3

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