filtro gmx - Online na nuvem

PROGRAMA:

NOME

filtro gmx - trajetórias de filtro de frequência, úteis para fazer filmes suaves

SINOPSE

filtro gmx [-f [<.xtc / .trr / ...>]] [-s [<.tpr / .gro / ...>]] [-n [<.ndx>]]
[-ol [<.xtc / .trr / ...>]] [-Oh [<.xtc / .trr / ...>]]
[-b ] [-e ] [-DT ] [-[agora] [-nf ]
[-[não todos] [- [não] nojump] [- [não] caber]

DESCRIÇÃO

gmx filtro realiza filtragem de frequência em uma trajetória. A forma do filtro é cos (pi t / A)
+ 1 de -A a + A, onde A é dado pela opção -nf vezes o intervalo de tempo na entrada
trajetória. Este filtro reduz as flutuações com o período A em 85%, com o período 2 * A em 50%
e com período 3 * A em 17% para filtragem passa-baixa. Um filtro passa-baixo e passa-alto
trajetória pode ser escrita.

Opção -ol grava uma trajetória filtrada de passagem baixa. Um quadro é escrito a cada -nf entrada
quadros. Esta proporção de comprimento do filtro e intervalo de saída garante uma boa supressão de
aliasing de movimento de alta frequência, o que é útil para fazer filmes suaves. Também médias
de propriedades que são lineares nas coordenadas são preservadas, uma vez que todos os quadros de entrada
são ponderados igualmente na saída. Quando todos os quadros forem necessários, use o -todos opção.

Opção -Oh escreve uma trajetória filtrada de passagem alta. As coordenadas de alta passagem filtradas são
adicionado às coordenadas do arquivo de estrutura. Ao usar a filtragem passa-alta, use -ajuste
ou certifique-se de usar uma trajetória que foi ajustada nas coordenadas da estrutura
arquivo.

OPÇÕES

Opções para especificar arquivos de entrada:

-f [<.xtc / .trr / ...>] (traj.xtc)
Trajetória: xtc tr CPT gro g96 pdb tng

-s [<.tpr / .gro / ...>] (topol.tpr) (Opcional)
Estrutura + massa (db): tpr gro g96 pdb quebrar ent

-n [<.ndx>] (índice.ndx) (Opcional)
Arquivo de índice

Opções para especificar arquivos de saída:

-ol [<.xtc / .trr / ...>] (lowpass.xtc) (Opcional)
Trajetória: xtc tr gro g96 pdb tng

-Oh [<.xtc / .trr / ...>] (passa alto.xtc) (Opcional)
Trajetória: xtc tr gro g96 pdb tng

Outras opções:

-b (0)
Primeiro quadro (ps) para ler a trajetória

-e (0)
Último quadro (ps) para ler a trajetória

-DT (0)
Use o quadro apenas quando t MOD dt = primeira vez (ps)

-[agora (no)
Ver saída .xvg, .xpm, .eps e .pdb arquivos

-nf (10)
Define o comprimento do filtro, bem como o intervalo de saída para a filtragem passa-baixa

-[não todos (no)
Grave todos os frames filtrados de passa-baixa

- [não] nojump (sim)
Remova saltos de átomos da caixa

- [não] caber (no)
Ajustar todos os quadros a uma estrutura de referência

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