gmx-hbond - Online na nuvem

PROGRAMA:

NOME

gmx-hbond - Calcular e analisar ligações de hidrogênio

SINOPSE

gmx hbond [-f [<.xtc / .trr / ...>]] [-s [<.tpr>]] [-n [<.ndx>]]
[-num [<.xvg>]] [-g [<.log>]] [-ac [<.xvg>]]
[-dist [<.xvg>]] [-ang [<.xvg>]] [-hx [<.xvg>]]
[-hbn [<.ndx>]] [-hbm [<.xpm>]] [-vestir [<.xvg>]]
[-dan [<.xvg>]] [-vida [<.xvg>]] [-nhbdist [<.xvg>]]
[-b ] [-e ] [-DT ] [-você ]
[-xvg ] [-a ] [-r ] [- [não] da]
[-r2 ] [-um balde ] [-rbin ] [- [não] nitacc]
[- [sem] contato] [-Concha ] [-fitstart ]
[-fender ] [-temperatura ] [-jogar fora ]
[-max_hb ] [- [não] mesclar] [-acflen ]
[- [não] normalizar] [-P ] [-fitfn ]
[-começar ] [-endfit ]

DESCRIÇÃO

gmx hbond calcula e analisa ligações de hidrogênio. As ligações de hidrogênio são determinadas com base em
pontos de corte para o ângulo Hidrogênio - Doador - Aceitador (zero é estendido) e a distância
Doador - Aceitante (ou Hidrogênio - Aceitante usando -noda) Os grupos OH e NH são considerados como
doadores, O é sempre um aceitador, N é um aceitador por padrão, mas isso pode ser alterado
utilização -nitac. Os átomos fictícios de hidrogênio são assumidos como conectados ao primeiro
átomo não hidrogênio.

Você precisa especificar dois grupos para análise, que devem ser idênticos ou
sem sobreposição. Todas as ligações de hidrogênio entre os dois grupos são analisadas.

Se você definir -Concha, será solicitado um grupo de índice adicional que deve conter
exatamente um átomo. Neste caso, apenas ligações de hidrogênio entre os átomos dentro da casca
distância de um átomo são considerados.

Com a opção -ac, as constantes de taxa para ligações de hidrogênio podem ser derivadas com o modelo de
Luzar e Chandler (Nature 394, 1996; J. Chem. Phys. 113: 23, 2000) ou de Markovitz
e Agmon (J. Chem. Phys 129, 2008). Se a cinética de contato for analisada usando o
opção de contato, então n (t) pode ser definido como todos os pares que não estão dentro do contato
distância r no tempo t (correspondendo a deixar a opção -r2 com o valor padrão 0) ou
todos os pares que estão dentro da distância r2 (correspondendo à definição de um segundo valor de corte
com a opção -r2). Consulte a literatura mencionada para obter mais detalhes e definições.

Saída:

· -num: número de ligações de hidrogênio em função do tempo.

· -ac: média de todas as autocorrelações das funções de existência (0 ou 1)
de todas as ligações de hidrogênio.

· -dist: distribuição da distância de todas as ligações de hidrogênio.

· -ang: distribuição angular de todas as ligações de hidrogênio.

· -hx: o número de ligações de hidrogênio n-n + i em função do tempo, onde n e n + i estão
para números de resíduos e i varia de 0 a 6. Isso inclui n-n + 3, n-n + 4 e
n-n + 5 ligações de hidrogênio associadas a hélices em proteínas.

· -hbn: todos os grupos selecionados, doadores, hidrogênios e aceitadores para grupos selecionados, todos
átomos com ligações de hidrogênio de todos os grupos e todos os átomos de solvente envolvidos na inserção.

· -hbm: matriz de existência para todas as ligações de hidrogênio em todos os quadros, isso também contém
informações sobre a inserção de solvente em ligações de hidrogênio. A ordenação é idêntica àquela
in -hbn arquivo de índice.

· -dan: escreva o número de doadores e aceitantes analisados ​​para cada período de tempo. Esse
é especialmente útil ao usar -Concha.

· -nhbdist: calcule o número de HBonds por hidrogênio para comparar os resultados com
Espectroscopia Raman.

Nota: opções -ac, -vida, -hbn e -hbm requer uma quantidade de memória proporcional ao
número total de doadores vezes o número total de aceitantes no (s) grupo (s) selecionado (s).

OPÇÕES

Opções para especificar arquivos de entrada:

-f [<.xtc / .trr / ...>] (traj.xtc)
Trajetória: xtc tr CPT gro g96 pdb tng

-s [<.tpr>] (topol.tpr)
Arquivo de entrada de execução xdr portátil

-n [<.ndx>] (índice.ndx) (Opcional)
Arquivo de índice

Opções para especificar arquivos de saída:

-num [<.xvg>] (hbnum.xvg)
arquivo xvgr / xmgr

-g [<.log>] (hbond.log) (Opcional)
Arquivo de log

-ac [<.xvg>] (hbac.xvg) (Opcional)
arquivo xvgr / xmgr

-dist [<.xvg>] (hbdist.xvg) (Opcional)
arquivo xvgr / xmgr

-ang [<.xvg>] (hbang.xvg) (Opcional)
arquivo xvgr / xmgr

-hx [<.xvg>] (hbhelix.xvg) (Opcional)
arquivo xvgr / xmgr

-hbn [<.ndx>] (hbond.ndx) (Opcional)
Arquivo de índice

-hbm [<.xpm>] (hbmap.xpm) (Opcional)
Arquivo de matriz compatível com X PixMap

-vestir [<.xvg>] (doador.xvg) (Opcional)
arquivo xvgr / xmgr

-dan [<.xvg>] (danum.xvg) (Opcional)
arquivo xvgr / xmgr

-vida [<.xvg>] (hblife.xvg) (Opcional)
arquivo xvgr / xmgr

-nhbdist [<.xvg>] (nhbdist.xvg) (Opcional)
arquivo xvgr / xmgr

Outras opções:

-b (0)
Primeiro quadro (ps) para ler a trajetória

-e (0)
Último quadro (ps) para ler a trajetória

-DT (0)
Use o quadro apenas quando t MOD dt = primeira vez (ps)

-você (ps)
Unidade para valores de tempo: fs, ps, ns, us, ms, s

-xvg
formatação do gráfico xvg: xmgrace, xmgr, nenhum

-a (30)
Ângulo de corte (graus, hidrogênio - doador - aceitante)

-r (0.35)
Raio de corte (nm, X - Aceitador, consulte a próxima opção)

- [não] da (sim)
Use distância doador-aceitador (se TRUE) ou hidrogênio-aceitador (FALSO)

-r2 (0)
Segundo raio de corte. Principalmente útil com -contato e -ac

-um balde (1)
Distribuição do ângulo da largura bin (graus)

-rbin (0.005)
Distribuição de distância de largura bin (nm)

- [não] nitacc (sim)
Considere os átomos de nitrogênio como aceitadores

- [sem] contato (no)
Não procure ligações de hidrogênio, mas apenas contatos dentro da distância de corte

-Concha (-1)
quando> 0, calcula apenas as ligações de hidrogênio dentro da camada # nm em torno de uma partícula

-fitstart (1)
Tempo (ps) a partir do qual começar a ajustar as funções de correlação a fim de obter
as constantes de taxa para frente e para trás para quebra e formação de HB. Com -gemfit
nós sugerimos -fitstart 0

-fender (60)
Tempo (ps) para o qual parar de ajustar as funções de correlação, a fim de obter o
constantes de taxa para frente e para trás para quebra e formação de HB (apenas com
-gemfit)

-temperatura (298.15)
Temperatura (K) para calcular a energia de Gibbs correspondente à quebra de HB e
reformando

-jogar fora (0)
Despeje os primeiros N ACFs de ligação de hidrogênio em um único .xvg arquivo para depuração

-max_hb (0)
Número máximo teórico de ligações de hidrogênio usadas para normalizar HB
função de autocorrelação. Pode ser útil caso o programa faça uma estimativa errada

- [não] mesclar (sim)
As ligações H entre o mesmo doador e aceitador, mas com hidrogênio diferente são
tratada como uma única ligação H. Principalmente importante para o ACF.

-acflen (-1)
Comprimento do ACF, o padrão é metade do número de quadros

- [não] normalizar (sim)
Normalizar ACF

-P (0)
Ordem do polinômio de Legendre para ACF (0 indica nenhum): 0, 1, 2, 3

-fitfn (Nenhum)
Função de ajuste: nenhum, exp, exp_exp, exp_exp, exp5, exp7, exp9

-começar (0)
Hora de começar o ajuste exponencial da função de correlação

-endfit (-1)
Momento em que terminar o ajuste exponencial da função de correlação, -1 é até o
final

CONHECIDO QUESTÕES

· A opção -sal que costumava funcionar em hbonds selecionados está fora de serviço e, portanto, não
disponível por enquanto.

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