gmx-msd - Online na nuvem

PROGRAMA:

NOME

gmx-msd - Calcula os deslocamentos quadrados médios

SINOPSE

gmx msd [-f [<.xtc / .trr / ...>]] [-s [<.tpr / .gro / ...>]] [-n [<.ndx>]]
[-o [<.xvg>]] [-mol [<.xvg>]] [-pdb [<.pdb>]] [-b ]
[-e ] [-você ] [-[agora] [-xvg ]
[-Tipo ] [-lateral ] [-[nem dez] [-ngrupo ]
[- [não] mw] [- [não] rmcomm] [-tpdb ] [-trestart ]
[-começar ] [-endfit ]

DESCRIÇÃO

gmx MSD calcula o deslocamento quadrático médio (MSD) de átomos de um conjunto de
posições. Isso fornece uma maneira fácil de calcular a constante de difusão usando o Einstein
relação. O tempo entre os pontos de referência para o cálculo MSD é definido com
-trestart. A constante de difusão é calculada por mínimos quadrados ajustando uma linha reta
(D * t + c) através do MSD (t) de -começar para -endfit (observe que t é o tempo do
posições de referência, não tempo de simulação). Uma estimativa de erro fornecida, que é o
diferença dos coeficientes de difusão obtidos a partir de ajustes nas duas metades do ajuste
intervalo.

Existem três opções mutuamente exclusivas para determinar diferentes tipos de quadrados médios
deslocamento: -Tipo, -lateral e -dez. Opção -dez escreve o tensor MSD completo para cada
grupo, a ordem na saída é: trace xx yy zz yx zx zy.

If -mol está definido, gmx MSD traça o MSD para moléculas individuais (incluindo a produção de moléculas
todo através dos limites periódicos): para cada molécula individual, uma constante de difusão é
calculado para seu centro de massa. O grupo de índice escolhido será dividido em moléculas.

A maneira padrão de calcular um MSD é usando médias ponderadas por massa. Isso pode ser girado
fora com -agora.

Com a opção -rmcomm, o movimento do centro de massa de um grupo específico pode ser removido. Para
trajetórias produzidas com GROMACS isso geralmente não é necessário, pois gmx Mdrun geralmente
já remove o centro de movimento de massa. Ao usar esta opção, certifique-se de que o
todo o sistema é armazenado no arquivo de trajetória.

O coeficiente de difusão é determinado por regressão linear do MSD, onde, ao contrário de
a saída normal de D, os tempos são ponderados de acordo com o número de referência
pontos, ou seja, tempos curtos têm um peso maior. Também quando -beginfit`` = -1, apropriado começa at
10% e quando `` -endfit`` = -1, apropriado vai para 90%. utilização esse opção um tb fica an
preciso erro estimativa baseado on da estatística entre Individual Moléculas. Note que
esse difusão coeficiente e erro estimativa e guarante que os mesmos estão só preciso quando da MSD is completamente
linear entre `` -beginfit e -endfit.

Opção -pdb escreve um .pdb arquivo com as coordenadas do quadro no momento -tpdb dentro do
O fator B representa a raiz quadrada do coeficiente de difusão da molécula. Esta opção
implica opção -mol.

OPÇÕES

Opções para especificar arquivos de entrada:

-f [<.xtc / .trr / ...>] (traj.xtc)
Trajetória: xtc tr CPT gro g96 pdb tng

-s [<.tpr / .gro / ...>] (topol.tpr)
Estrutura + massa (db): tpr gro g96 pdb quebrar ent

-n [<.ndx>] (índice.ndx) (Opcional)
Arquivo de índice

Opções para especificar arquivos de saída:

-o [<.xvg>] (msd.xvg)
arquivo xvgr / xmgr

-mol [<.xvg>] (diff_mol.xvg) (Opcional)
arquivo xvgr / xmgr

-pdb [<.pdb>] (diff_mol.pdb) (Opcional)
Arquivo de banco de dados de proteínas

Outras opções:

-b (0)
Primeiro quadro (ps) para ler a trajetória

-e (0)
Último quadro (ps) para ler a trajetória

-você (ps)
Unidade para valores de tempo: fs, ps, ns, us, ms, s

-[agora (no)
Ver saída .xvg, .xpm, .eps e .pdb arquivos

-xvg
formatação do gráfico xvg: xmgrace, xmgr, nenhum

-Tipo (no)
Calcule o coeficiente de difusão em uma direção: não, x, y, z

-lateral (no)
Calcule a difusão lateral em um plano perpendicular a: no, x, y, z

-[nem dez (no)
Calcule o tensor completo

-ngrupo (1)
Número de grupos para calcular MSD para

- [não] mw (sim)
MSD de massa ponderada

- [não] rmcomm (no)
Remover centro de movimento de massa

-tpdb (0)
A moldura a ser usada para a opção -pdb (ps)

-trestart (10)
Tempo entre pontos de reinício na trajetória (ps)

-começar (-1)
O tempo de início para ajustar o MSD (ps), -1 é 10%

-endfit (-1)
A hora final para ajustar o MSD (ps), -1 é 90%

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