Este é o comando gmx-spol que pode ser executado no provedor de hospedagem gratuita OnWorks usando uma de nossas várias estações de trabalho online gratuitas, como Ubuntu Online, Fedora Online, emulador online do Windows ou emulador online do MAC OS
PROGRAMA:
NOME
gmx-spol - Analisa a orientação do dipolo do solvente e a polarização em torno dos solutos
SINOPSE
gmx spol [-f [<.xtc / .trr / ...>]] [-s [<.tpr>]] [-n [<.ndx>]]
[-o [<.xvg>]] [-b ] [-e ] [-DT ] [-[agora]
[-xvg ] [- [não] com] [-refat ] [-rmin ]
[-rmax ] [-mergulhar ] [-bw ]
DESCRIÇÃO
gmx gênero analisa dipolos em torno de um soluto; é especialmente útil para água polarizável.
Um grupo de átomos de referência, ou um centro de referência de massa (opção -com) e um grupo de
átomos de solvente são necessários. O programa divide o grupo de átomos do solvente em moléculas.
Para cada molécula de solvente, a distância até o átomo mais próximo no grupo de referência ou até o
COM é determinado. Uma distribuição cumulativa dessas distâncias é traçada. Para cada
distância entre -rmin e -rmax o produto interno do vetor de distância e o dipolo
da molécula de solvente é determinada. Para moléculas de solvente com carga líquida (íons), o
a carga líquida do íon é subtraída uniformemente de todos os átomos na seleção de cada íon.
A média desses componentes dipolo é impressa. O mesmo é feito para a polarização,
onde o dipolo médio é subtraído do dipolo instantâneo. A magnitude do
dipolo médio é definido com a opção -mergulhar, a direção é definida pelo vetor de
o primeiro átomo no grupo de solvente selecionado para o ponto médio entre o segundo e o
terceiro átomo.
OPÇÕES
Opções para especificar arquivos de entrada:
-f [<.xtc / .trr / ...>] (traj.xtc)
Trajetória: xtc tr CPT gro g96 pdb tng
-s [<.tpr>] (topol.tpr)
Arquivo de entrada de execução xdr portátil
-n [<.ndx>] (índice.ndx) (Opcional)
Arquivo de índice
Opções para especificar arquivos de saída:
-o [<.xvg>] (scdist.xvg)
arquivo xvgr / xmgr
Outras opções:
-b (0)
Primeiro quadro (ps) para ler a trajetória
-e (0)
Último quadro (ps) para ler a trajetória
-DT (0)
Use o quadro apenas quando t MOD dt = primeira vez (ps)
-[agora (no)
Ver saída .xvg, .xpm, .eps e .pdb arquivos
-xvg
formatação do gráfico xvg: xmgrace, xmgr, nenhum
- [não] com (no)
Use o centro de massa como a posição de referência
-refat (1)
O átomo de referência da molécula de solvente
-rmin (0)
Distância máxima (nm)
-rmax (0.32)
Distância máxima (nm)
-mergulhar (0)
O dipolo médio (D)
-bw (0.01)
A largura da caixa
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