gmx-tune_pme - Online na nuvem

PROGRAMA:

NOME

gmx-tune_pme - Tempo mdrun como uma função das classificações PME para otimizar as configurações

SINOPSE

gmx tune_pme [-s [<.tpr>]] [-cpi [<.cpt>]] [-mesa [<.xvg>]]
[-tabletf [<.xvg>]] [-mesa [<.xvg>]]
[-tabelab [<.xvg>]] [-executar [<.xtc / .trr / ...>]]
[-ovo [<.edi>]] [-p [<.out>]] [-errar [<.log>]]
[-tão [<.tpr>]] [-o [<.trr / .cpt / ...>]] [-x [<.xtc / .tng>]]
[-cpo [<.cpt>]] [-c [<.gro / .g96 / ...>]] [-e [<.edr>]]
[-g [<.log>]] [-dhdl [<.xvg>]] [-campo [<.xvg>]]
[-tpi [<.xvg>]] [-tpid [<.xvg>]] [-eo [<.xvg>]]
[-devoto [<.xvg>]] [-runav [<.xvg>]] [-px [<.xvg>]]
[-pf [<.xvg>]] [-ro [<.xvg>]] [-Fora [<.log>]]
[-rs [<.log>]] [-rt [<.log>]] [-mtx [<.mtx>]]
[-dn [<.ndx>]] [-troca [<.xvg>]] [-bo [<.trr / .cpt / ...>]]
[-bx [<.xtc>]] [-bcpo [<.cpt>]] [-bc [<.gro / .g96 / ...>]]
[-estar [<.edr>]] [-bg [<.log>]] [-beo [<.xvg>]]
[-bdhdl [<.xvg>]] [-bcampo [<.xvg>]] [-btpi [<.xvg>]]
[-btpid [<.xvg>]] [-bdevot [<.xvg>]] [-brunav [<.xvg>]]
[-bpx [<.xvg>]] [-bpf [<.xvg>]] [-irmão [<.xvg>]]
[-sutiã [<.log>]] [-brs [<.log>]] [-brt [<.log>]]
[-bmtx [<.mtx>]] [-bdn [<.ndx>]] [-bswap [<.xvg>]]
[-xvg ] [-mdrun ] [-np ]
[-npstring ] [-ntmpi ] [-r ]
[-máximo ] [- min ] [-npme ] [-consertar ]
[-rmax ] [-rmin ] [- [no] scalevdw]
[-ntpr ] [-degraus ] [-resetstep ]
[-npassos ] [- [não] lançamento] [- [não] banco] [- [não] verificar]
[-gpu_id ] [- [não] anexar] [- [não] cpnum]
[-defnm ]

DESCRIÇÃO

Para um determinado número -np or -ntmpi de fileiras, gmx tune_pme sistematicamente vezes gmx Mdrun
com vários números de classificações apenas de PME e determina qual configuração é mais rápida. Será
também testar se o desempenho pode ser aprimorado mudando a carga do recíproco para o
parte do espaço real da soma de Ewald. Basta passar o seu .tpr arquivo para gmx tune_pme juntos
com outras opções para gmx Mdrun como necessário.

gmx tune_pme precisa ligar gmx Mdrun e requer que você especifique como chamar mdrun
com o argumento para o -mdrun parâmetro. Dependendo de como você construiu o GROMACS, os valores
como 'gmx mdrun', 'gmx_d mdrun' ou 'mdrun_mpi' podem ser necessários.

O programa que executa programas MPI pode ser definido na variável de ambiente MPIRUN (padrões
para 'mpirun'). Observe que, para certas estruturas MPI, você precisa fornecer uma máquina ou
hostfile. Isso também pode ser passado por meio da variável MPIRUN, por exemplo

exportar MPIRUN = "/ usr / local / mpirun -máquinafile hosts " Observe que, em tais casos, é
normalmente necessário para compilar e / ou executar gmx tune_pme sem suporte MPI, para que possa
chame o programa MPIRUN.

Antes de fazer o benchmark real, gmx tune_pme fará uma verificação rápida se gmx
Mdrun funciona conforme o esperado com as configurações paralelas fornecidas se o -Verifica opção
ativado (o padrão). Por favor ligue gmx tune_pme com as opções normais você passaria
para gmx Mdrun e adicione -np para o número de classificações para realizar os testes, ou -ntmpi for
o número de threads. Você também pode adicionar -r repetir cada teste várias vezes para melhorar
estatísticas.

gmx tune_pme pode testar várias cargas de trabalho de espaço real / espaço recíproco para você. Com -ntpr
você controla quantos extras .tpr os arquivos serão gravados com cortes ampliados e menores
Grades de Fourier respectivamente. Normalmente, o primeiro teste (número 0) será com o
configurações da entrada .tpr Arquivo; o último teste (número NTPR) terá o Coulomb
corte especificado por -rmax com uma grade PME um pouco menor ao mesmo tempo. Neste último
teste, o espaçamento de Fourier é multiplicado com Rmax/ rcoulomb. O restante .tpr arquivos vão
têm raios de Coulomb igualmente espaçados (e espaçamentos de Fourier) entre esses extremos. Note que
você pode definir -ntpr para 1 se você apenas buscar o número ótimo de classificações apenas para PME; nesse caso
sua entrada .tpr o arquivo permanecerá inalterado.

Para as execuções de benchmark, o padrão de 1000 etapas de tempo deve ser suficiente para a maioria dos sistemas MD.
O balanceamento de carga dinâmico precisa de cerca de 100 etapas de tempo para se adaptar aos desequilíbrios de carga local,
portanto, os contadores de intervalo de tempo são redefinidos por padrão após 100 etapas. Para sistemas grandes
(> 1M de átomos), bem como para uma maior precisão das medições, você deve definir
-resetstep para um valor mais alto. Das entradas de desequilíbrio de carga 'DD' na saída md.log
você pode saber depois de quantas etapas a carga está suficientemente balanceada. Chamada de exemplo:

gmx tune_pme -np 64 -s proteína.tpr -lançamento

Depois de ligar gmx Mdrun várias vezes, informações detalhadas de desempenho estão disponíveis em
o arquivo de saída desempenho. Note que durante os benchmarks, alguns arquivos temporários
são escritos (opções -b *), eles serão excluídos automaticamente após cada teste.

Se você deseja que a simulação seja iniciada automaticamente com os parâmetros otimizados, use
a opção de linha de comando -lançamento.

Suporte básico para habilitado para GPU Mdrun existe. Dê uma string contendo os IDs das GPUs
que você deseja usar na otimização no -gpu_id argumento da linha de comando. diferente
Mdrun -gpu_id, isso não implica um mapeamento, mas apenas o conjunto elegível. g_tune_pme precisarão
construir chamadas para mdrun que usam este conjunto apropriadamente, assumindo que PP está classificado com baixo
índices devem ser mapeados para GPUs com índices baixos, e aumentando ambos monotonicamente ao longo do
respectivos conjuntos.

OPÇÕES

Opções para especificar arquivos de entrada:

-s [<.tpr>] (topol.tpr)
Arquivo de entrada de execução xdr portátil

-cpi [<.cpt>] (estado.cpt) (Opcional)
Arquivo de checkpoint

-mesa [<.xvg>] (tabela.xvg) (Opcional)
arquivo xvgr / xmgr

-tabletf [<.xvg>] (tabletf.xvg) (Opcional)
arquivo xvgr / xmgr

-mesa [<.xvg>] (tabela.xvg) (Opcional)
arquivo xvgr / xmgr

-tabelab [<.xvg>] (tabela.xvg) (Opcional)
arquivo xvgr / xmgr

-executar [<.xtc / .trr / ...>] (reexecutar.xtc) (Opcional)
Trajetória: xtc tr CPT gro g96 pdb tng

-ovo [<.edi>] (sam.edi) (Opcional)
Entrada de amostragem ED

Opções para especificar arquivos de saída:

-p [<.out>] (perf.out)
Arquivo de saída genérico

-errar [<.log>] (bencherr.log)
Arquivo de log

-tão [<.tpr>] (sintonizado.tpr)
Arquivo de entrada de execução xdr portátil

-o [<.trr / .cpt / ...>] (traj.trr)
Trajetória de precisão total: tr CPT tng

-x [<.xtc / .tng>] (traj_comp.xtc) (Opcional)
Trajetória comprimida (formato tng ou formato xdr portátil)

-cpo [<.cpt>] (estado.cpt) (Opcional)
Arquivo de checkpoint

-c [<.gro / .g96 / ...>] (confout.gro)
Arquivo de estrutura: gro g96 pdb bre ent esp

-e [<.edr>] (ener.edr)
Arquivo de energia

-g [<.log>] (md.log)
Arquivo de log

-dhdl [<.xvg>] (dhdl.xvg) (Opcional)
arquivo xvgr / xmgr

-campo [<.xvg>] (campo.xvg) (Opcional)
arquivo xvgr / xmgr

-tpi [<.xvg>] (tpi.xvg) (Opcional)
arquivo xvgr / xmgr

-tpid [<.xvg>] (tpidist.xvg) (Opcional)
arquivo xvgr / xmgr

-eo [<.xvg>] (edsam.xvg) (Opcional)
arquivo xvgr / xmgr

-devoto [<.xvg>] (deviatie.xvg) (Opcional)
arquivo xvgr / xmgr

-runav [<.xvg>] (runaver.xvg) (Opcional)
arquivo xvgr / xmgr

-px [<.xvg>] (pullx.xvg) (Opcional)
arquivo xvgr / xmgr

-pf [<.xvg>] (puxar.xvg) (Opcional)
arquivo xvgr / xmgr

-ro [<.xvg>] (rotação.xvg) (Opcional)
arquivo xvgr / xmgr

-Fora [<.log>] (rotangles.log) (Opcional)
Arquivo de log

-rs [<.log>] (rotslabs.log) (Opcional)
Arquivo de log

-rt [<.log>] (rotorque.log) (Opcional)
Arquivo de log

-mtx [<.mtx>] (nm.mtx) (Opcional)
Matriz hessiana

-dn [<.ndx>] (dipolo.ndx) (Opcional)
Arquivo de índice

-troca [<.xvg>] (swapions.xvg) (Opcional)
arquivo xvgr / xmgr

-bo [<.trr / .cpt / ...>] (banco.trr)
Trajetória de precisão total: tr CPT tng

-bx [<.xtc>] (banco.xtc)
Trajetória comprimida (formato xdr portátil): xtc

-bcpo [<.cpt>] (banco.cpt)
Arquivo de checkpoint

-bc [<.gro / .g96 / ...>] (banco.gro)
Arquivo de estrutura: gro g96 pdb bre ent esp

-estar [<.edr>] (banco.edr)
Arquivo de energia

-bg [<.log>] (banco.log)
Arquivo de log

-beo [<.xvg>] (bancodo.xvg) (Opcional)
arquivo xvgr / xmgr

-bdhdl [<.xvg>] (bancodhdl.xvg) (Opcional)
arquivo xvgr / xmgr

-bcampo [<.xvg>] (bancofld.xvg) (Opcional)
arquivo xvgr / xmgr

-btpi [<.xvg>] (benchtpi.xvg) (Opcional)
arquivo xvgr / xmgr

-btpid [<.xvg>] (banchtpid.xvg) (Opcional)
arquivo xvgr / xmgr

-bdevot [<.xvg>] (bancodev.xvg) (Opcional)
arquivo xvgr / xmgr

-brunav [<.xvg>] (banchrnav.xvg) (Opcional)
arquivo xvgr / xmgr

-bpx [<.xvg>] (benchpx.xvg) (Opcional)
arquivo xvgr / xmgr

-bpf [<.xvg>] (bancopf.xvg) (Opcional)
arquivo xvgr / xmgr

-irmão [<.xvg>] (bancorot.xvg) (Opcional)
arquivo xvgr / xmgr

-sutiã [<.log>] (benchrota.log) (Opcional)
Arquivo de log

-brs [<.log>] (benchrots.log) (Opcional)
Arquivo de log

-brt [<.log>] (benchrott.log) (Opcional)
Arquivo de log

-bmtx [<.mtx>] (banco.mtx) (Opcional)
Matriz hessiana

-bdn [<.ndx>] (banco.ndx) (Opcional)
Arquivo de índice

-bswap [<.xvg>] (bancowp.xvg) (Opcional)
arquivo xvgr / xmgr

Outras opções:

-xvg
formatação do gráfico xvg: xmgrace, xmgr, nenhum

-mdrun
Linha de comando para executar uma simulação, por exemplo, 'gmx mdrun' ou 'mdrun_mpi'

-np (1)
Número de classificações para executar os testes (deve ser> 2 para classificações separadas de PME)

-npstring (np)
Nome do $ MPIRUN opção que especifica o número de classificações a usar ('np' ou 'n';
use 'nenhum' se não houver essa opção): np, n, nenhum

-ntmpi (1)
Número de MPI-threads para executar os testes (desliga MPI e mpirun)

-r (2)
Repita cada teste com frequência

-máximo (0.5)
Fração máxima de classificações de PME para testar

- min (0.25)
Fração mínima de classificações de PME para testar

-npme (auto)
Dentro de -min e -max, compare todos os valores possíveis para -npme, ou apenas um razoável
subconjunto. Auto negligencia -min e -max e escolhe valores razoáveis ​​em torno de uma estimativa
para npme derivado de .tpr: auto, all, subconjunto

-consertar (-2)
Se> = -1, não varie o número de classificações apenas PME, em vez disso, use este valor fixo
e apenas variar rcoulomb e o espaçamento da grade PME.

-rmax (0)
Se> 0, rcoulomb máximo para -ntpr> 1 (aumento de escala de rcoulomb resulta na grade de Fourier
redução de escala)

-rmin (0)
Se> 0, rcoulomb mínimo para -ntpr> 1

- [no] scalevdw (sim)
Escale o rvdw junto com o rcoulomb

-ntpr (0)
número de .tpr arquivos para benchmark. Crie tantos arquivos com diferentes rcoulomb
fatores de escala dependendo de -rmin e -rmax. Se <1, escolha automaticamente o
número de .tpr arquivos para testar

-degraus (1000)
Calcule o tempo para essas muitas etapas nas execuções de benchmark

-resetstep (100)
Deixe dlb equilibrar essas várias etapas antes que os tempos sejam tomados (redefinir contadores de ciclo
depois de tantos passos)

-npassos (-1)
Se não for negativo, execute essas várias etapas na execução real (substitui nsteps de
.tpr, adicionar .cpt passos)

- [não] lançamento (no)
Inicie a simulação real após a otimização

- [não] banco (sim)
Execute os benchmarks ou apenas crie a entrada .tpr arquivos?

- [não] verificar (sim)
Antes da execução do benchmark, verifique se o mdrun funciona em paralelo

-gpu_id
Lista de id-s de dispositivo GPU que são elegíveis para uso (ao contrário do mdrun, não implica qualquer
mapeamento)

- [não] anexar (sim)
Anexar a arquivos de saída anteriores ao continuar do ponto de verificação em vez de adicionar
o número da peça da simulação para todos os nomes de arquivo (apenas para lançamento)

- [não] cpnum (no)
Manter e numerar os arquivos de ponto de verificação (apenas inicialização)

-defnm
Defina os nomes de arquivo padrão (apenas inicialização)

Use gmx-tune_pme online usando serviços onworks.net