Este é o comando gustaf que pode ser executado no provedor de hospedagem gratuita OnWorks usando uma de nossas várias estações de trabalho online gratuitas, como Ubuntu Online, Fedora Online, emulador online do Windows ou emulador online do MAC OS
PROGRAMA:
NOME
gustaf - Gustaf - Localizador de alinhamento genérico mUlti-SpliT: ferramenta para mapeamento de leitura dividida
permitindo múltiplas divisões.
SINOPSE
gustaf [OPÇÕES]
DESCRIÇÃO
GUSTAF usa SeqAns STELLAR para encontrar divisões como correspondências locais em diferentes fios ou
cromossomos. Critérios e penalidades para encadear essas correspondências podem ser especificados. Saída
arquivo contém os pontos de interrupção ao longo da melhor cadeia.
O arquivo genoma é usado como entrada do banco de dados, o arquivo lido como entrada da consulta.
Todas as opções STELLAR são suportadas. Consulte a documentação STELLAR para os parâmetros STELLAR
e opções.
(c) 2011-2012 por Kathrin Trappe
-h, --Socorro
Exibe esta mensagem de ajuda.
--versão
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Opções GUSTAF:
Opções principais:
-tp, --transPen INT
Penalidade de translocação intercromossômica Padrão: 5.
-ip, --invPen INT
Penalidade de inversão Padrão: 5.
-op, --orderPen INT
Penalidade de mudança de ordem intracromossômica Padrão: 0.
-outros, --overlapThresh DUPLO
Sobreposição permitida entre as correspondências Padrão: 0.5.
-gth, --gapThresh INT
Comprimento permitido do intervalo entre partidas Padrão: 10.
-com, --initGapThresh INT
Comprimento permitido do intervalo inicial ou final no início e no final da leitura Padrão: 15.
-st, --Apoio, suporte INT
Número de leituras de suporte Padrão: 2.
Opções de entrada:
-m, --matchfile ARQUIVO
Arquivo de correspondências (estelares) Os tipos de arquivos válidos são: gff e GFF.
Opções de saída:
-bpo, --breakpointOut ARQUIVO
Nome do arquivo de saída do ponto de interrupção. Os tipos de arquivos válidos são: gff e txt. Predefinição:
pontos de interrupção.gff.
-j, --jobName STR
Nome do trabalho / fila Padrão:.
-Faz, - pontos
Habilitar saída de gráfico em formato de ponto
Opções estelares:
Opções principais:
-e, --épsilon NUM
Taxa de erro máxima (máx. 0.25). No intervalo [0.0000001..0.25]. Padrão: 0.05.
-l, --minComprimento NUM
Comprimento mínimo dos fósforos de épsilon. No intervalo [0..inf]. Padrão: 100.
-f, --frente
Pesquise apenas na vertente direta do banco de dados.
-r, --marcha ré
Pesquise apenas no complemento reverso do banco de dados.
-a, --alfabeto STR
Tipo de alfabeto de sequências de entrada (dna, rna, dna5, rna5, proteína, char). Um de dna,
dna5, rna, rna5, proteína e char.
-v, --verbose
Defina o modo de verbosidade.
Opções de filtragem:
-k, --km NUM
Comprimento dos q-gramas (máx. 32). No intervalo [1..32].
-rp, --repeatPeríodo NUM
O período máximo de baixa complexidade se repete para ser filtrado. Padrão: 1.
-rl, --repeatComprimento NUM
Comprimento mínimo de repetições de baixa complexidade a serem filtradas. Padrão: 1000.
-c, --abundânciaCorte NUM
taxa de corte de superabundância de k-mer. No intervalo [0..1]. Padrão: 1.
Opções de verificação:
-x, --xDrop NUM
Queda x máxima para extensão. Padrão: 5.
-vs, --verificação STR
Estratégia de verificação: exact ou bestLocal ou bandedGlobal Um de exact, bestLocal,
e bandedGlobal. Padrão: exato.
-DT, --disableThresh NUM
Número máximo de correspondências verificadas antes de desativar a verificação para uma consulta
seqüência (infinito padrão). No intervalo [0..inf].
-n, --numCorrespondências NUM
Número máximo de correspondências mantidas por consulta e banco de dados. Se STELLAR encontrar mais
partidas, apenas as mais longas são mantidas. Padrão: 50.
-s, --sortThresh NUM
Número de correspondências que geram a remoção de duplicatas. Escolha um valor menor para
economizando espaço. Padrão: 500.
VERSÃO
versão gustaf: 1.0 Última atualização em julho de 2012
Use gustaf online usando serviços onworks.net
