hhalign - Online na nuvem

PROGRAMA:

NOME

hhalign - alinhar um alinhamento de consulta / HMM a um alinhamento de modelo / HMM

SINOPSE

Hhalign -i pergunta [-t modelo] [opções]

DESCRIÇÃO

HHalign versão 2.0.16 (janeiro de 2013) Alinha um alinhamento de consulta / HMM a um modelo
alinhamento / HMM por alinhamento HMM-HMM Se apenas um alinhamento / HMM for dado, ele é comparado com
em si e o melhor alinhamento fora da diagonal, além de todos os alinhamentos não sobrepostos
acima do limite de significância são mostrados. Remmert M, Biegert A, Hauser A e Soding J.
HHblits: sequência de proteína iterativa ultrarrápida pesquisando por alinhamento HMM-HMM. Nat.
Methods 9: 173-175 (2011). (C) Johannes Soeding, Michael Remmert, Andreas Biegert, Andreas
Hauser

-i
alinhamento de consulta de entrada (fasta / a2m / a3m) ou arquivo HMM (.hhm)

-t
alinhamento do modelo de entrada (fasta / a2m / a3m) ou arquivo HMM (.hhm)

saída opções:
-o
escrever o alinhamento de saída para o arquivo

-como de
escrever alinhamentos em FASTA, A2M (-oa2m) ou A3M (-oa3m) formato

-Oa3m
escrever o alinhamento da consulta em formato A3 no arquivo (padrão = nenhum)

-Aa3m
anexar o alinhamento da consulta em formato A3m ao arquivo (padrão = nenhum)

-um separador
escrever o alinhamento como uma tabela (com posteriores) para o arquivo (padrão = nenhum)

-índice use o alinhamento fornecido para calcular a pontuação de Viterbi (padrão = nenhum)

-v
modo detalhado: 0: sem saída de tela 1: apenas advertências 2: detalhado

-seq [1, inf [máx. número de sequências de consulta / modelo exibidas (definição = 1)

-nocons
não mostra a sequência de consenso nos alinhamentos (padrão = mostrar)

-nopred
não mostra a estrutura secundária prevista em alinhamentos (padrão = mostrar)

-nodssp
não mostra a estrutura 2ª DSSP em alinhamentos (padrão = mostrar)

-ssconf
mostrar confidências para estrutura 2ª prevista em alinhamentos

-aliw int
número de colunas por linha na lista de alinhamento (def = 80)

-P
para auto-comparação: valor p máx. de alinhamentos (def = 0.001

-p
probabilidade mínima na lista de resumo e alinhamento (def = 0)

-E
valor E máximo no resumo e lista de alinhamento (def = 1E + 06)

-Z
número máximo de linhas na lista de acertos de resumo (def = 100)

-z
número mínimo de linhas na lista de acertos de resumo (definição = 1)

-B
número máximo de alinhamentos na lista de alinhamento (def = 100)

-b
número mínimo de alinhamentos na lista de alinhamento (def = 1)

-classificação int
especifique a classificação de alinhamento para escrever -Oa3m or -Aa3m opção (padrão = 1)

filtros entrada alinhamento (opções pode be combinado):
-Eu iria [0,100] identidade de sequência de pares máxima (%) (def = 90)

-dif [0, inf [filtram o conjunto mais diverso de sequências, mantendo pelo menos este

muitas sequências em cada bloco de> 50 colunas (def = 100)

-cov [0,100] cobertura mínima com consulta (%) (def = 0)

-qid [0,100] identidade de sequência mínima com consulta (%) (def = 0)

-qsc [0,100] pontuação mínima por coluna com consulta (definição = -20.0)

Entrada alinhamento formato:
-M a2m usa A2M / A3M (padrão): maiúsculas = Match; minúsculas = inserir; '-' = Excluir; '.' =
lacunas alinhadas às inserções (podem ser omitidas)

-M primeiro
use FASTA: colunas com resíduo na 1ª sequência são estados de correspondência

-M
use FASTA: colunas com menos de X% de lacunas são estados de correspondência

HMM-HMM alinhamento opções:
-globo/ -loc
modo de alinhamento global ou local (def = local)

-alt
mostrar até este número de alinhamentos alternativos (def = 1)

-realinhar
realinhe os hits exibidos com no máx. algoritmo de precisão (MAC)

-norealinhar
NÃO realinhe as ocorrências exibidas com o algoritmo MAC (def = realinhar)

-mato [0,1 [
limite de probabilidade posterior para alinhamento MAC (def = 0.350) Um valor de limite de
0.0 produz alinhamentos globais.

-sto
use o algoritmo de amostragem estocástica global para amostrar esses muitos alinhamentos

-exceto excluir posições de consulta do alinhamento, por exemplo, '1-33,97-168'

-mudança [-1,1] compensação de pontuação (def = -0.030)

-corr
peso do termo para correlações de pares (def = 0.10)

-ssm 0-4 0: sem pontuação ss [padrão = 2]

1: pontuação ss após o alinhamento 2: pontuação ss durante o alinhamento

-ssw [0,1] peso da pontuação ss (def = 0.11)

-def leia as opções padrão de ./.hhdefaults ou /.hhdefault.

Exemplo: hhalign -i T0187.a3m -t d1hz4a_.hhm -png T0187pdb.png

saída opções:
-o
escrever o alinhamento de saída para o arquivo

-como de
escrever alinhamentos em FASTA, A2M (-oa2m) ou A3M (-oa3m) formato

-Oa3m
escrever o alinhamento da consulta em formato A3 no arquivo (padrão = nenhum)

-Aa3m
anexar o alinhamento da consulta em formato A3m ao arquivo (padrão = nenhum)

-um separador
escrever o alinhamento como uma tabela (com posteriores) para o arquivo (padrão = nenhum)

-v
modo detalhado: 0: sem saída de tela 1: apenas advertências 2: detalhado

-seq [1, inf [máx. número de sequências de consulta / modelo exibidas (definição = 1)

-nocons
não mostra a sequência de consenso nos alinhamentos (padrão = mostrar)

-nopred
não mostra a estrutura secundária prevista em alinhamentos (padrão = mostrar)

-nodssp
não mostra a estrutura 2ª DSSP em alinhamentos (padrão = mostrar)

-ssconf
mostrar confidências para estrutura 2ª prevista em alinhamentos

-aliw int
número de colunas por linha na lista de alinhamento (def = 80)

-P
para auto-comparação: valor p máx. de alinhamentos (def = 0.001

-p
probabilidade mínima na lista de resumo e alinhamento (def = 0)

-E
valor E máximo no resumo e lista de alinhamento (def = 1E + 06)

-Z
número máximo de linhas na lista de acertos de resumo (def = 100)

-z
número mínimo de linhas na lista de acertos de resumo (definição = 1)

-B
número máximo de alinhamentos na lista de alinhamento (def = 100)

-b
número mínimo de alinhamentos na lista de alinhamento (def = 1)

-classificação int
especifique a classificação de alinhamento para escrever -Oa3m or -Aa3m opção (padrão = 1)

-tc
escrever um arquivo de biblioteca TCoffee para a comparação de pares

-tct
min. probabilidade de pares de resíduos para TCoffee (def = 5%)

Opções para filtro entrada alinhamento (opções pode be combinado):
-Eu iria [0,100] identidade de sequência de pares máxima (%) (def = 90)

-dif [0, inf [
filtrar o mais diverso conjunto de sequências, mantendo pelo menos essa quantidade de sequências em cada
bloco de> 50 colunas (def = 100)

-cov [0,100] cobertura mínima com consulta (%) (def = 0)

-qid [0,100] identidade de sequência mínima com consulta (%) (def = 0)

-qsc [0,100] pontuação mínima por coluna com consulta (definição = -20.0)

Edifício HMM opções:
-M a2m usa A2M / A3M (padrão): maiúsculas = Match; minúsculas = inserir; '-' = Excluir; '.' =
lacunas alinhadas às inserções (podem ser omitidas)

-M primeiro
use FASTA: colunas com resíduo na 1ª sequência são estados de correspondência

-M
use FASTA: colunas com menos de X% de lacunas são estados de correspondência

-Tag NÃO neutralize His-, C-myc-, FLAG-tags e sequência de reconhecimento de tripsina para
distribuição de fundo

Pseudoconta (computador) opções:
-pcm 0-2 dependência de posição da mistura de pc 'tau' (modo pc, padrão = 2)

0: sem pseudo contagens:
ta = 0

1: constante
ta = um

2: dependente da diversidade: tau = a / (1 + ((Neff [i] -1) / b) ^ c) (Neff [i]: número de
seqs eficazes em MSA local em torno da coluna i) 3: pseudocontas de diversidade constante

-pca [0,1] mistura geral de pseudocontagem (def = 1.0)

-pcb [1, inf [valor limite de Neff para -pcm 2 (def = 1.5)

-pcc [0,3] expoente de extinção c para -pcm 2 (def = 1.0)

-pre_pca
Mistura de pseudocontagem PREFILTER (definição = 0.8)

-pre_pcb [1, inf [limite PREFILTER para Neff (def = 1.8)

Específico do contexto pseudo-contagens:
-nocontxt
use matriz de substituição em vez de pseudocontas específicas do contexto

-contxt arquivo de contexto para computação de pseudocontas específicas de contexto
(padrão =. / data / context_data.lib)

-cslib
arquivo de estado da coluna para pré-filtragem rápida do banco de dados (padrão =. / data / cs219.lib)

lacuna custo opções:
-gapb [0, inf [
Mistura de pseudocontagem de transição (def = 1.00)

-gapd [0, inf [
Mistura de pseudocontagem de transição para lacuna aberta (padrão = 0.15)

-boca
Mistura de pseudocontagem de transição para estender a lacuna (def = 1.00)

-gapf ] 0, inf]
fator para aumentar / reduzir a penalidade de abertura de gap para exclusões (def = 0.60)

-gapg ] 0, inf]
fator para aumentar / reduzir a penalidade de abertura de espaço para inserções (def = 0.60)

-gaph ] 0, inf]
fator para aumentar / reduzir a penalidade de extensão de lacuna para exclusões (def = 0.60)

-gapi ] 0, inf]
fator para aumentar / reduzir a penalidade de extensão da lacuna para inserções (def = 0.60)

-egq [0, inf [penalidade (bits) para lacunas finais alinhadas aos resíduos da consulta (def = 0.00)

-egt [0, inf [penalidade (bits) para lacunas finais alinhadas aos resíduos do modelo (def = 0.00)

Alinhamento opções:
-globo/ -loc
modo de alinhamento global ou local (def = global)

-Mac use alinhamento de precisão máxima (MAC) em vez de Viterbi

-mato
limite de prob posterior para alinhamento MAC (def = 0.350)

-sto
use o algoritmo de amostragem estocástica global para amostrar esses muitos alinhamentos

-sc pontuação de aminoácidos (tja: template HMM na coluna j) (def = 1)

0 = log2 Soma (tja * qia / pa) (pa: aa frequências de fundo)

1 = soma log2 (tja * qia / pqa) (pqa = 1/2 * (pa + ta))

2 = soma log2 (tja * qia / ta) (ta: av. Aa freqs no modelo)

3 = log2 Sum (tja * qia / qa) (qa: av. Aa freqs na consulta)

-corr
peso do termo para correlações de pares (def = 0.10)

-mudança [-1,1]
compensação de pontuação (def = -0.030)

-r identificação de repetição: múltiplos acertos não tratados como independentes

-ssm 0-2 0: sem pontuação ss [padrão = 2]

1: pontuação ss após o alinhamento 2: pontuação ss durante o alinhamento

-ssw [0,1] peso da pontuação ss em comparação com a pontuação da coluna (def = 0.11)

-ssa [0,1] matriz de confusão ss = (1-ssa) * I + ssa * matriz-confusão-psipred [def = 1.00)

-calma 0-3
calibração de pontuação empírica de 0: consulta 1: modelo 2: ambos (def = off)

As opções padrão podem ser especificadas em './.hhdefaults' ou '~ / .hhdefaults'

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