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PROGRAMA:

NOME

HMMER - software de modelo de Markov oculto de perfil

SINOPSE

hmm2align
Alinhe várias sequências a um HMM de perfil.

hmm2build
Construir um perfil HMM a partir de um determinado alinhamento de sequência múltipla.

hmm2calibrar
Determine os parâmetros de significância estatística apropriados para um perfil HMM antes
para fazer pesquisas de banco de dados.

hmm2converter
Converter HMMs de perfil HMMER em outros formatos, como perfis GCG.

hmm2emit
Gerar sequências probabilisticamente a partir de um perfil HMM.

hmm2fetch
Recuperar um HMM de um banco de dados HMM

índice hmm2
Crie um índice SSI binário para um banco de dados HMM

hmm2pfam
Pesquise um banco de dados HMM de perfil com uma sequência (ou seja, anote vários tipos de
domínios na sequência de consulta).

hmm2search
Pesquise um banco de dados de sequência com um perfil HMM (ou seja, encontre homólogos adicionais de
uma família modelada).

DESCRIÇÃO

Esses programas usam modelos de Markov ocultos de perfil (HMMs de perfil) para modelar o principal
consenso de estrutura de uma família de sequências de proteínas ou ácidos nucleicos.

OPÇÕES

Todos HMMER programas fornecem um breve resumo de sua sintaxe de linha de comando e opções se
invocado sem nenhum argumento. Quando invocado com o único argumento, -h (ou seja, ajuda), um
programa relatará informações de uso de linha de comando mais detalhadas, incluindo raramente usado,
opções experimentais e especializadas. -h irá relatar números de versão que são úteis se você
precisa relatar um bug ou problema para mim.

Cada HMMER programa tem sua própria página de manual resumindo brevemente o uso da linha de comando. Há
também um guia do usuário que acompanha a distribuição do software, que inclui um tutorial
introdução e descrições mais detalhadas dos programas.

See http://hmmer.janelia.org/ para documentação on-line e a versão atual do HMMER.

Em geral, nenhuma opção de linha de comando deve ser necessária para usuários iniciantes. Os padrões são
configurado para desempenho ideal na maioria das situações. Opções que são uma única minúscula
letras (por exemplo -a ) são opções "comuns" que devem ser usadas com frequência e
ser importante em muitas aplicações. Opções que são letras maiúsculas simples (por exemplo -B )
geralmente são opções menos comuns, mas também podem ser importantes em alguns aplicativos. Opções
que são palavras completas (por exemplo --verbose ) são raramente usados, experimentais ou especialistas
opções. Algumas opções experimentais existem apenas para minhas próprias experiências em andamento com
HMMER, e pode não ser apoiado ou documentado de forma adequada.

SEQÜÊNCIA ARQUIVO FORMATOS

Em geral, HMMER tenta ler os formatos de arquivo de sequência biológica mais comuns. Isto
detecta automaticamente o formato do arquivo. Ele também detecta automaticamente se as sequências são proteínas
ou ácido nucleico. Os códigos de degenerescência IUPAC padrão são permitidos, além dos habituais
Códigos de 4 ou 20 letras.

Desalinhado sequências
Arquivos de sequência desalinhados podem estar em FASTA, Swissprot, EMBL, GenBank, PIR,
Formato Intelligenetics, Strider ou GCG. Esses formatos são documentados no
Guia do usuário.

Seqüência alinhamentos
Vários alinhamentos de sequência podem estar no formato CLUSTALW, SELEX ou GCG MSF. Esses
os formatos são documentados no Guia do usuário.

MEIO AMBIENTE VARIÁVEIS

Para facilidade de uso de grandes sequências estáveis ​​e bancos de dados HMM, HMMER procura por arquivos de sequência
e arquivos HMM no diretório de trabalho atual, bem como nos diretórios do sistema especificados
por variáveis ​​de ambiente.

BLASTDB
Especifica a localização do diretório dos bancos de dados de sequência. Exemplo: / seqlibs / blast-
db /. Em instalações que usam o software BLAST, esta variável de ambiente é provável
já está definido.

HMMERDBGenericName
Especifica a localização do diretório dos bancos de dados HMM. Exemplo: / seqlibs / pfam /.

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