infoaligne - Online na nuvem

PROGRAMA:

NOME

infoalign - exibe informações básicas sobre um alinhamento de sequência múltipla

SINOPSE

infoalign -seqüência conjunto de sequências [-matriz matriz] [-refseq corda] -pluralidade flutuar
-identidade flutuar -arquivo de saída arquivo de saída [-html booleano] -só booleano -cabeçalho booleano
-EUA booleano -nome booleano -seqlength booleano -alinhar comprimento booleano -lacunas booleano
-conta de lacunas booleano -idcount booleano -simcontar booleano -difcount booleano
-mudança booleano -peso booleano -Descrição booleano

infoalign -Socorro

DESCRIÇÃO

infoalign é um programa de linha de comando da EMBOSS (“the European Molecular Biology Open
Suite de software ”). É parte do "Alinhamento: Múltiplo, Recuperação de dados: Dados de sequência"
grupo (s) de comando.

OPÇÕES

Entrada seção
-seqüência conjunto de sequências
O alinhamento da sequência a ser exibida.

-matriz matriz
Este é o arquivo de matriz de pontuação usado ao comparar sequências. Por padrão, é o
arquivo 'EBLOSUM62' (para proteínas) ou o arquivo 'EDNAFULL' (para sequências nucleicas). Esses
os arquivos encontram-se no diretório 'data' da instalação do EMBOSS.

-refseq corda
Se você der o número no alinhamento ou o nome de uma sequência, ele será levado para
seja a sequência de referência. A sequência de referência é aquela contra a qual todos os
outras sequências são comparadas. Se for definido como 0, a sequência de consenso será
usado como a sequência de referência. Por padrão, a sequência de consenso é usada como o
seqüência de referência.

Avançado seção
-pluralidade flutuar
Defina um ponto de corte para a% de partidas com pontuação positiva abaixo do qual não há consenso.
A pluralidade padrão é considerada como 50% do peso total de todas as sequências no
alinhamento. Valor padrão: 50.0

-identidade flutuar
Fornece a facilidade de definir o número necessário de identidades em uma posição para
para dar um consenso. Portanto, se for definido como 100%, apenas colunas de identidades
contribuir para o consenso. Valor padrão: 0.0

saída seção
-arquivo de saída arquivo de saída
Se você inserir o nome de um arquivo aqui, este programa gravará os detalhes da sequência
nesse arquivo.

-html booleano
Valor padrão: N

-só booleano
Esta é uma maneira de encurtar a linha de comando se você quiser que apenas algumas coisas sejam
exibido. Em vez de especificar: '-nohead -nousa -noname -noalign -nogaps -nogapcount
-nosimcount -noidcount -nodiffcount -noweight 'para obter apenas a saída de comprimento de sequência,
você pode especificar '-only -seqlength' Valor padrão: N

-cabeçalho booleano
Valor padrão: @ (! $ (Apenas))

-EUA booleano
Valor padrão: @ (! $ (Apenas))

-nome booleano
Valor padrão: @ (! $ (Apenas))

-seqlength booleano
Valor padrão: @ (! $ (Apenas))

-alinhar comprimento booleano
Valor padrão: @ (! $ (Apenas))

-lacunas booleano
Valor padrão: @ (! $ (Apenas))

-conta de lacunas booleano
Valor padrão: @ (! $ (Apenas))

-idcount booleano
Valor padrão: @ (! $ (Apenas))

-simcontar booleano
Valor padrão: @ (! $ (Apenas))

-difcount booleano
Valor padrão: @ (! $ (Apenas))

-mudança booleano
Valor padrão: @ (! $ (Apenas))

-peso booleano
Valor padrão: @ (! $ (Apenas))

-Descrição booleano
Valor padrão: @ (! $ (Apenas))

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