Este é o comando kissplice que pode ser executado no provedor de hospedagem gratuita OnWorks usando uma de nossas várias estações de trabalho online gratuitas, como Ubuntu Online, Fedora Online, emulador online do Windows ou emulador online do MAC OS
PROGRAMA:
NOME
kissplice - detecção de polimorfismos em dados de RNA-seq.
SINOPSE
beijoplice -h
kissplice [OPÇÃO] [-r READFILES]
DESCRIÇÃO
Detecta eventos de splicing alternativo e outros tipos de polimorfismos de READFILES (em
Formato FASTA ou FASTQ).
OPÇÕES
-h, --Socorro
Mostre esta mensagem de ajuda e saia.
-r READFILES
Arquivos de leitura fasta / q de entrada (vários, como "-r arquivo1 -r arquivo2 ... ").
-k KVAL
tamanho k-mer (padrão = 25).
-l LLMAX
Comprimento máximo do caminho mais curto (padrão: 2k-1).
-m LL_MIN
Comprimento mínimo do caminho mais curto (padrão 2k-8).
-M UL_MAX
Comprimento máximo do caminho mais longo (padrão 1000), exons ignorados mais longos que UL_MAX
não são relatados.
-g GRAPH_PREFIX
Caminho e prefixo para o gráfico de Bruijn pré-construído (com sufixo .edges / .nodes) se em conjunto
usado com -r, gráfico usado para encontrar bolhas e leituras usadas para quantificação.
-o OUT_DIR
Caminho para armazenar os resultados (padrão = ./resultados).
-d PATH_TO_TMP
Diretório específico (caminho absoluto) onde construir arquivos temporários (padrão
diretório temporário caso contrário).
-t NBPROCS
Número de núcleos (deve ser <= número de núcleos físicos).
-s Não produza SNPs (economiza tempo).
-v Modo detalhado.
-u Mantenha o arquivo de nós / arestas para bccs inacabados.
-c MIN_COV
Descartar k-mers que estão presentes estritamente menos do que este número de vezes no
conjunto de dados. (padrão 2).
-C MIN_RELATIVE_COV
Descarte as bordas com cobertura relativa abaixo de MIN_RELATIVE_COV expressa como um
porcentagem em [0,1). (padrão 0.02).
-z GENOMA_SIZE
Número estimado de nós no gráfico De-Bruin. (padrão = 1000000000).
-e MIN_EDIT_DIST
Classifica como repetições inexatas aquelas bolhas cuja distância de edição dos caminhos é menor
do que MIN_EDIT_DIST (padrão 3).
-y MAX_CYCLES
Número máximo de enumerações de bolhas em cada bcc. Se excedido, nenhuma bolha é produzida
para o bcc (padrão 10000).
--tempo esgotado TIMEOUT
Quantidade máxima de tempo (em segundos) gasta para enumerar bolhas em cada bcc. Se
excedido, nenhuma bolha é gerada para o bcc (padrão 900).
--versão
Exibe o número da versão do programa e sai.
Use kissplice online usando serviços onworks.net
