Este é o comando kraken-build que pode ser executado no provedor de hospedagem gratuita OnWorks usando uma de nossas várias estações de trabalho online gratuitas, como Ubuntu Online, Fedora Online, emulador online do Windows ou emulador online do MAC OS
PROGRAMA:
NOME
kraken-build - atribuição de rótulos taxonômicos a sequências curtas de DNA
SINOPSE
construção de kraken [tarefa opção] [opções]
DESCRIÇÃO
Tarefa opções (exatamente um devo be selecionado):
- download-taxonomy
Baixe as informações taxonômicas do NCBI
--download-biblioteca TIPO
Baixe a biblioteca parcial (TYPE = um de "bactérias", "plasmídeos", "vírus", "humanos")
--adicionar à biblioteca ARQUIVO
Adicionar FILE à biblioteca
--construir
Criar banco de dados a partir da biblioteca (requer taxonomia d / l'ed e pelo menos um arquivo na biblioteca)
--reconstruir
Crie um banco de dados a partir de uma biblioteca como --construir, mas remova os arquivos não-biblioteca / taxonomia existentes
antes de construir
--limpar
Remova arquivos desnecessários de um banco de dados construído
--Psiquiatra NEW_CT
Reduza um banco de dados existente para ter apenas NEW_CT k-mers
--padrão
Baixe e crie banco de dados padrão
--melhoria
Atualize um banco de dados antigo existente para usar a ordem do minimizador codificado (veja o README
para detalhes)
--Socorro Imprima esta mensagem
--versão
Imprimir informações da versão
OPÇÕES
--db NOME
Nome do banco de dados / biblioteca Kraken (obrigatório, exceto para --Socorro/--versão)
--tópicos #
Número de threads (definição: 1)
--novo-db NOME
Novo nome do banco de dados Kraken (apenas tarefa de redução; obrigatório para tarefa de redução)
--kmer-len NUM
Comprimento de K-mer em bp (apenas tarefas de construção / redução; definição: 31)
--minimizer-len NUM
Comprimento do minimizador em bp (apenas tarefas de construção / redução; definição: 15)
- tamanho do hash da medusa STR
Passe um argumento de tamanho de hash específico para a água-viva ao construir o banco de dados (tarefa de construção
apenas)
--max-db-tamanho TAMANHO
Reduza o banco de dados antes da construção completa, certificando-se de que o banco de dados e o índice juntos usem <=
SIZE gigabytes (apenas tarefa de construção)
--shrink-block-offset NUM
Ao encolher, selecione o k-mer que está a NUM posições do final de um bloco de
k-mers (padrão: 1)
--trabalho em disco
Realize a maioria das operações no disco em vez da RAM (tornará a compilação mais lenta na maioria
casos)
Use kraken-build online usando serviços onworks.net
