Este é o comando lutefisk que pode ser executado no provedor de hospedagem gratuita OnWorks usando uma de nossas várias estações de trabalho online gratuitas, como Ubuntu Online, Fedora Online, emulador online do Windows ou emulador online do MAC OS
PROGRAMA:
NOME
lutefisk - software para a interpretação de novo de espectros de peptídeo CID
SINOPSE
lutefisk [-q] [-m] [-d] [-p] [-r] [-s] [-v] [-h] [-o]
DESCRIÇÃO
lutefisk é um software para a interpretação de novo de espectros de peptídeo CID. Leva
dados de peptídeo CID e alguns arquivos de dados auxiliares (cujo local é especificado no
linha de comando) e gera um arquivo de resultados contendo todas as sequências hipoteticamente
correspondendo aos dados CID.
Quando você invoca lutefisk com o -h opção, o programa lista na linha de comando todos os
opções que estão disponíveis.
OPÇÕES
-h Imprimir uma lista de opções
-q Executar em modo silencioso
-m Massa de íon precursor
-d Nome do caminho para o arquivo de detalhes
-p Nome do caminho para o arquivo de params
-r Nome do caminho para o arquivo de resíduos
-s Nome do caminho para o arquivo com sequências de banco de dados para pontuação
-v Executar em modo detalhado
-o Arquivo de saída
Arquivo de dados CID
PROGRAMA DADOS
Os dados necessários para executar o programa estão localizados em / usr / share / lutefisk.
EXEMPLO DADOS
Dados de exemplo estão localizados em / usr / share / doc / lutefisk / examples.
BIBLIOGRÁFICO REFERÊNCIAS TO BE CITADO
RS Johnson e JA Taylor (2002) "Pesquisando bancos de dados de sequência via de novo peptide
sequenciamento por espectrometria de massa em tandem ", Mol. Biotechnology Vol. 22, No. 3. (novembro
2002), págs. 301-315.
JA Taylor e RS Johnson (2000) "Implementação e usos de automatizado de novo
sequenciação de péptidos por espectrometria de massa em tandem ". Anal. Chem. 73: 2594-2604.
RS Johnson e JA Taylor (2000) "Pesquisando bancos de dados de sequência via de novo peptide
sequenciamento por espectrometria de massa em tandem "," Protein and Peptide Analysis: Advances in the
Use of Mass Spectrometry ", 146: 41-61 (Methods in Molecular Biology series, Humana Press).
JA Taylor e RS Johnson (1997) "Pesquisas de banco de dados de sequência via peptídeo de novo
sequenciação por espectrometria de massa em tandem ". Rapid Comm. Mass Spec. 11: 1067-1075.
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