macsyfinder - Online na nuvem

PROGRAMA:

NOME

macsyfinder - página de manual para macsyfinder 1.0.2

DESCRIÇÃO

uso: macsyfinder [-h] [--sequence-db SEQUENCE_DB]

[--db-type {unordered_replicon, order_replicon, gembase, unordered}]
[--replicon-topology {linear, circular}] [--topology-file TOPOLOGY_FILE] [--idx]
[--inter-gene-max-espaço INTER_GENE_MAX_SPACE INTER_GENE_MAX_SPACE]
[--min-required-genes-required MIN_MANDATORY_GENES_REQUIRED
MIN_MANDATORY_GENES_REQUIRED] [--min-genes-required MIN_GENES_REQUIRED
MIN_GENES_REQUIRED] [--max-nb-genes MAX_NB_GENES MAX_NB_GENES] [--multi-loci
MULTI_LOCI] [--hmmer HMMER_EXE] [--index-db INDEX_DB_EXE] [--e-value-search
E_VALUE_RES] [--i-avalue-select I_EVALUE_SEL] [--coverage-profile COVERAGE_PROFILE]
[-d DEF_DIR] [-o OUT_DIR] [-r RES_SEARCH_DIR] [--res-search-sufixo
RES_SEARCH_SUFFIX] [--res-extract-sufixo RES_EXTRACT_SUFFIX] [-p PROFILE_DIR]
[--profile-suffix PROFILE_SUFFIX] [-w WORKER_NB] [-v] [--log LOG_FILE] [--config
CFG_FILE] [--previous-run PREVIOUS_RUN] sistemas [sistemas ...]

MacSyFinder é uma ferramenta para a detecção de sistemas de secreção de proteínas de bactérias diderm.
a partir de um conjunto de dados de proteínas.

posicional argumentos:
sistemas
Os sistemas a serem detectados. Esta é uma opção obrigatória sem nenhuma palavra-chave associada a
isto. Para detectar todos os sistemas de secreção de proteínas e apêndices relacionados: defina como
"all" (não faz distinção entre maiúsculas e minúsculas). Caso contrário, um único ou vários sistemas podem ser especificados.
Por exemplo: "T2SS T4P".

opcional argumentos:
-h, --Socorro
mostre esta mensagem de ajuda e saia

Entrada conjunto de dados opções:
--sequência-db SEQUENCE_DB
Caminho para o conjunto de dados da sequência em formato fasta.

--db-type {unordered_replicon, order_replicon, gembase, unordered}
O tipo de conjunto de dados com o qual lidar. "unordered_replicon" corresponde a um
genoma não montado, "desordenado" para um conjunto de dados metagenômico, "ordenado_replicon" para
um genoma montado e "gembase" para um conjunto de replicons onde identificadores de sequência
siga esta convenção: "> RepliconName SequenceID".

--replicon-topologia {linear, circular}
A topologia dos replicons (esta opção é significativa apenas se o db_type for
'Order_replicon' ou 'gembase'.

- arquivo de topologia TOPOLOGY_FILE
Caminho do arquivo de topologia. O arquivo de topologia permite especificar uma topologia (linear ou
circular) para cada replicon (esta opção é significativa apenas se o db_type for
'Order_replicon' ou 'gembase'. Um arquivo de topologia é um arquivo tabular com dois
colunas: a 1ª é o nome do replicon e a 2ª a topologia correspondente:
"RepliconA linear"

--idx Forças para construir os índices para o conjunto de dados de sequência, mesmo se eles foram anteriormente
calculado e presente no local do conjunto de dados (padrão = Falso)

sistemas detecção opções:
--inter-gene-max-espaço INTER_GENE_MAX_SPACE INTER_GENE_MAX_SPACE
Critério de colocalização: número máximo de componentes não correspondidos por um perfil
permitido entre dois componentes correspondentes para que sejam considerados contíguos. Opção
significativo apenas para conjuntos de dados "ordenados". O primeiro valor deve corresponder a um sistema, o
segundo para uma série de componentes. Esta opção pode ser repetida várias vezes:
"--inter-gene-max-space T2SS 12 --inter-gene-max-espaço Flagelo 20 "

--min-required-genes-required MIN_MANDATORY_GENES_REQUIRED MIN_MANDATORY_GENES_REQUIRED
O número mínimo de genes obrigatórios necessários para avaliação do sistema. O primeiro
o valor deve corresponder a um nome de sistema, o segundo valor a um inteiro. Esta opção
pode ser repetido várias vezes: "--minmandatory-genes-required T2SS 15
--min-requiredgenes-required Flagelo 10 "

--min-genes-requerido MIN_GENES_REQUIRED MIN_GENES_REQUIRED
O número mínimo de genes necessários para a avaliação do sistema (inclui ambos
componentes 'obrigatórios' e 'acessórios'). O primeiro valor deve corresponder a um
nome do sistema, o segundo valor para um número inteiro. Esta opção pode ser repetida várias
vezes: "--min-genesrequired T2SS 15 --min-genes-requerido Flagelo 10 "

--max-nb-genes MAX_NB_GENES MAX_NB_GENES
O número máximo de genes necessários para avaliação do sistema. O primeiro valor deve
correspondem a um nome de sistema, o segundo valor a um inteiro. Esta opção pode ser
repetido várias vezes: "--max-nb-genes T2SS 5 --max-nb-genes Flagelo 10

--multi-loci MULTI_LOCI
Permitir o armazenamento de sistemas multiloci para os sistemas especificados. Os sistemas são
especificado como uma lista separada por vírgulas (--multi-loci sys1, sys2) o padrão é False

Opções for Hum execução e visitas filtragem:
--hmmer HMMER_EXE
Caminho para o programa Hmmer.

--index-db INDEX_DB_EXE
O indexador a ser usado para Hmmer. O valor pode ser 'makeblastdb' ou
'formatdb' ou o caminho para um desses binários (padrão = makeblastb)

--pesquisa-valor-e E_VALUE_RES
Valor eletrônico máximo para ocorrências a serem relatadas durante a pesquisa Hmmer. (padrão = 1)

--i-evalue-selecionar I_EVALUE_SEL
Valor eletrônico independente máximo para ocorrências de Hmmer a serem selecionadas para detecção do sistema.
(padrão = 0.001)

--perfil de cobertura COVERAGE_PROFILE
Cobertura mínima de perfil necessária no alinhamento de acerto para permitir a seleção de acerto
para detecção do sistema. (padrão = 0.5)

Caminho opções:
-d DEF_DIR, --def DEF_DIR
Caminho para os arquivos de definição de sistemas.

-o OUT_DIR, --out-dir OUT_DIR
Caminho para o diretório onde armazenar os resultados. se outdir for especificado res-search-dir
será ignorado.

-r RES_SEARCH_DIR, --res-search-dir RES_SEARCH_DIR
Caminho para o diretório onde armazenar os diretórios de resultados de pesquisa do MacSyFinder
(diretório de trabalho atual padrão).

--res-search-suffix RES_SEARCH_SUFFIX
O sufixo a ser dado aos arquivos de saída brutos do Hmmer.

--res-extrair-sufixo RES_EXTRACT_SUFFIX
O sufixo a ser fornecido aos arquivos de saída de ocorrências filtradas.

-p PERFIL_DIR, --perfil-dir PERFIL_DIR
Caminho para o diretório de perfis.

--profile-sufixo PROFILE_SUFFIX
O sufixo dos arquivos de perfil. Para cada elemento 'Gene', o perfil correspondente é
pesquisado no 'profile_dir', em um arquivo cujo nome é baseado no nome do Gene + o
sufixo do perfil. Por exemplo, se o gene é denominado 'gspG' e o sufixo é
'.hmm3', então o perfil deve ser colocado no local especificado e ser nomeado
'gspG.hmm3'

Geral opções:
-w TRABALHADOR_NB, --trabalhador TRABALHADOR_NB
Número de workers a serem usados ​​pelo MacSyFinder. Caso o usuário queira executar
MacSyFinder em modo multithread. (0 significa que todos os núcleos serão usados, padrão 1)

-v, --verbosidade
Aumenta o nível de verbosidade. Existem 4 níveis: mensagens de erro (padrão),
Aviso (-v), Informações (-vv) e Depurar. (-vvv)

--registro ARQUIVO DE LOG
Caminho para o diretório onde armazenar o arquivo de log 'macsyfinder.log'.

--config CFG_FILE
Caminho para um arquivo de configuração MacSyFinder putativo a ser usado.

--executar-anterior PREVIOUS_RUN
Caminho para um diretório de execução MacSyFinder anterior. Permite pular o Hmmer
etapa de pesquisa no mesmo conjunto de dados, pois usa resultados de execução anteriores e, portanto, parâmetros
em relação à detecção de Hmmer. O arquivo de configuração desta execução anterior será
usado. (conflito com opções --config, --sequência-db, --profile-sufixo,
--resextract-sufixo, --e-valor-res, --db-type, --hmmer)

Para obter mais detalhes, visite o site MacSyFinder e consulte a documentação do MacSyFinder.

Use o macsyfinder online usando os serviços onworks.net