Este é o matchere de comando que pode ser executado no provedor de hospedagem gratuita OnWorks usando uma de nossas várias estações de trabalho online gratuitas, como Ubuntu Online, Fedora Online, emulador online do Windows ou emulador online do MAC OS
PROGRAMA:
NOME
matcher - alinhamento local Waterman-Eggert de duas sequências
SINOPSE
combinador -uma sequência seqüência -seqüência seqüência [-arquivo de dados matriz] [-alternativas número inteiro]
[-gapopen número inteiro] [-gapextend número inteiro] -arquivo de saída alinhar
combinador -Socorro
DESCRIÇÃO
combinador é um programa de linha de comando da EMBOSS (“the European Molecular Biology Open
Suite de software ”). Faz parte do (s) grupo (s) de comando "Alinhamento: Local".
OPÇÕES
Entrada seção
-uma sequência seqüência
-seqüência seqüência
-arquivo de dados matriz
Este é o arquivo de matriz de pontuação usado ao comparar sequências. Por padrão, é o
arquivo 'EBLOSUM62' (para proteínas) ou o arquivo 'EDNAFULL' (para sequências nucleicas). Esses
os arquivos encontram-se no diretório 'data' da instalação do EMBOSS.
Adicional seção
-alternativas número inteiro
Isso define o número de saída de correspondências alternativas. Por padrão, apenas o mais alto
alinhamento de pontuação é mostrado. Um valor de 2 fornece outros alinhamentos razoáveis. No
alguns casos, por exemplo, proteínas de múltiplos domínios de cDNA e comparações de DNA genômico,
pode haver outros alinhamentos interessantes e significativos. Valor padrão: 1
-gapopen número inteiro
A penalidade da lacuna é a pontuação retirada quando uma lacuna é criada. O melhor valor depende
na escolha da matriz de comparação. O valor padrão de 14 assume que você está usando o
Matriz EBLOSUM62 para sequências de proteínas ou um valor de 16 e a matriz EDNAFULL para
sequências de nucleotídeos. Valor padrão: @ ($ (acdprotein)? 14: 16)
-gapextend número inteiro
O comprimento do intervalo, ou extensão do intervalo, penalidade é adicionado à penalidade do intervalo padrão para
cada base ou resíduo na lacuna. É assim que os intervalos longos são penalizados. Normalmente você vai
espere algumas lacunas longas em vez de muitas lacunas curtas, então a penalidade de extensão da lacuna
deve ser menor do que a penalidade de intervalo. Uma exceção é quando uma ou ambas as sequências estão
leituras únicas com possíveis erros de sequenciamento, caso em que você esperaria muitos
lacunas de base única. Você pode obter este resultado definindo a penalidade de intervalo em zero (ou muito
baixo) e usando a penalidade de extensão da lacuna para controlar a pontuação da lacuna. Valor padrão:
@ ($ (acdproteína)? 4: 4)
saída seção
-arquivo de saída alinhar
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