Este é o comando NEXUSvalidator que pode ser executado no provedor de hospedagem gratuita OnWorks usando uma de nossas várias estações de trabalho online gratuitas, como Ubuntu Online, Fedora Online, emulador online do Windows ou emulador online do MAC OS
PROGRAMA:
NOME
Validador NEXUS - validar arquivo NEXUS
DESCRIÇÃO
NEXUSvalidator lê um arquivo e sai com sucesso (código de retorno 0) se o arquivo for
válido.
A a maioria comum uso is simplesmente:
NEXUSvalidator
OPÇÕES
-h na linha de comando mostra esta mensagem de ajuda
-q suprimir mensagens de status NCL durante a leitura de arquivos
-llê um arquivo e trata cada linha do arquivo como um caminho para o arquivo NEXUS
-a saída AltNexus (sem tabela de tradução nas árvores)
-x NÃO valide rótulos internos em árvores como rótulos de taxa
-X NÃO trate os números nas árvores como números de táxons, trate-os como arbitrários
rótulos (não devem ser usados com arquivos NEXUS).
-scontrola o nível de rigidez NEXUS.
o nível padrão é equivalente a -s2 invocando o programa com -s3 ou um superior
number irá converter alguns avisos em erros fatais. Correndo com -s1 vai causar
o analisador para aceitar construções perigosas e executando com -s0 irá fazer com que o
analisador faz todas as tentativas para terminar de analisar o arquivo (alerta sobre problemas muito sérios
erros).
Note que quando -s0 nível de rigidez é usado, e o analisador falha ao terminar,
frequentemente será o resultado de um erro anterior ao erro relatado no
última mensagem.
-fespecifica o formato do arquivo de entrada esperado:
-fnexo
NEXUS (este também é o padrão)
-faafasta
Dados de aminoácidos em fasta
-fdnafasta
Dados de DNA em fasta
-frnafasta
Dados de RNA em fasta
A lista completa de nomes de formato que podem seguir o -f bandeira é:
nexo
dnafasta
aafasta
rnafasta
dnafilip
rnafilip
aafilip
discretophylip
dnafilipintercalada
rnafillipo intercalado
intercalado aafilip
discretefilipintercalado
dnarelaxedphylip
rnarelaxedphilip
aarelaxadophylip
discreto filipo relaxado
dnarelaxadofilipintercalado
rnarelaxadofilipintercalado
aarrelaxedphylipinterleaved
filiprelaxado discreto intercalado
DNA
Rnaaln
aaaln
filiptree
relaxado phyliptree
nexml
DNA
Aafin
Rnafin
Use NEXUSvalidator online usando serviços onworks.net
