ntdpal - On-line na nuvem

PROGRAMA:

NOME

ntdpal - Fornece funcionalidade de alinhamento do Primer3

SINOPSE

ntdpal [-g valor] [-eu valor] [-m mval] [-f1, f2, f3] [-p] [-s] [-e] {seq1} {seq2} {modo}

DESCRIÇÃO

Ntdpal (NucleoTide Dynamic Programming ALignment) é um programa independente que fornece
A funcionalidade de alinhamento do Primer3 (local, também conhecido como Smith-Waterman, global, também conhecido como
Needleman-Wunsch, mais "meio global").

OPÇÕES

-g valor
valor é um float (positivo) (precisão de 01) especificando penalidade pela criação de uma lacuna
respectivamente (as penalidades são subtraídas da pontuação de saída)

-l onda
valor é um float (positivo) (precisão de 01) especificando penalidade para aumentar uma lacuna
respectivamente (as penalidades são subtraídas da pontuação de saída)

-a
Faz com que a matriz de pontuação seja modificada por dpal_set_ambiguity_codes.

-e
Faz com que a posição final do alinhamento em ambas as sequências seja impressa. Não
confundir com o 'e' modo.

-f1, -f2, -f3
Forçar implementações específicas. -f2 forças usam uma implementação que pode fornecer
mensagens de erro mais informativas, possivelmente à custa de alguma velocidade.

-h
Use uma matriz de pontuação diferente: G e C correspondem = 3, A e T = 2 e incompatibilidades =
-0.5. (A matriz de pontuação padrão atribui 1 a uma correspondência e -1 a uma incompatibilidade.)

-p
Faz com que o alinhamento seja exibido no stderr.

-s
causas só a pontuação a ser impressa.

-m mval
é o intervalo máximo permitido (o padrão é 3).

seq1 e seq2
são as sequências a serem alinhadas.

modo
é um dos g, G, lou L especificando um global, global ancorado na extremidade, local ou local
alinhamento ancorado na extremidade, respectivamente. Para compatibilidade com versões anteriores e é equivalente a G.

REFERÊNCIA

Por favor, cite Rozen, S., Skaletsky, H. "Primer3 na WWW para usuários em geral e para
biologist programmers. "Em S. Krawetz e S. Misener, eds. Bioinformatics Methods and
Protocolos da série Methods in Molecular Biology. Humana Press, Totowa, NJ, 2000,
páginas 365-386.

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