phybin - Online na nuvem

PROGRAMA:

NOME

phybin - binning / clustering de árvores newick por topologia

SINOPSE

fibina [OPÇÃO...] arquivos or diretórios...

DESCRIÇÃO

O PhyBin recebe os arquivos da árvore Newick como entrada. Caminhos de arquivos Newick podem ser transmitidos diretamente
a linha de comando. Ou, se forem fornecidos diretórios, todos os arquivos nesses diretórios serão
leitura. Taxa são nomeados com base nos arquivos que os contêm. Se um arquivo contém vários
árvores, todos são lidos por phybin, e o nome do táxon então inclui um sufixo indicando o
posição no arquivo:

por exemplo, FILENAME_0, FILENAME_1, etc.

Ao agrupar árvores, Phybin calcula uma distância completa de Robinson-Foulds.
matriz. Se uma distância limite (distância de edição da árvore) for fornecida, então um conjunto plano de
os clusters serão produzidos nos arquivos clusterXX_YY.tr. Caso contrário, produz um completo
dendograma.

O modo binning fornece uma forma especialmente rápida e suja de agrupamento. Ao correr com
da --bin opção, apenas árvores exatamente iguais são colocadas no mesmo cluster. Árvore
o pré-processamento ainda se aplica, no entanto: por exemplo, o colapso de ramos curtos.

USO NOTAS:
* Atualmente phybin ignora árvores de entrada com o número errado de taxa.

* Se for fornecido um diretório como entrada, o phybin assumirá que todos os arquivos contidos são árvores Newick.

OPÇÕES

-v --verbose
imprimir AVISOS e outras informações (recomendado no início)

-V --versão
mostrar o número da versão

-o DIR --resultado=DIR
definir o diretório para conter todos os arquivos de saída (padrão "./phybin_out/")

--Auto teste
executar testes de unidade internos

agrupamento Opções
--bin Use binning simples, a forma mais barata de 'agrupamento'

--solteiro
Use clustering de ligação única (vizinho mais próximo)

--completo
Use clustering de ligação completa (vizinho mais distante)

--UPGMA
Use o método de grupo de pares não ponderados (ligação média) - modo DEFAULT

--editdist=DIST
Combine todos os clusters separados por DIST ou menos. Relate uma lista simples de clusters.
Independentemente de estar ativado, um agrupamento hierárquico
(dendogram.pdf) é produzido.

Selecionar Robinson-Foulds (simétrico diferença) distância algoritmo:
--hashrf
(padrão) usa uma variante do algoritmo HashRF para a matriz de distância

--tolerante
use uma métrica de RF mais lenta e modificada que tolere táxons ausentes

Visualização
-g --graphbins
use o graphviz para produzir arquivos de saída .dot e .pdf

-d --caixas de tração
como -g, mas abra as janelas da GUI para mostrar a árvore de cada caixa

-w --visualizar
por conveniência, o "modo de visualização" simplesmente exibe arquivos Newick de entrada sem binning

--showtrees
Imprimir topologia de árvore (textual) dentro dos nós do dendrograma

--realçar=ARQUIVO
Destaque os nós na árvore de árvores (dendrograma) consistentes com o. dada árvore
Arquivo. Vários destaques são permitidos e usam cores diferentes.

--interior
Mostre as árvores de consenso para nós internos no dendograma, ao invés de apenas
pontos.

Árvore pré-processando
--ameixa seca=TAXA
Podar árvores apenas para TAXA antes de fazer qualquer outra coisa. Espaço e vírgula separados
listas de táxons são permitidas. Use aspas.

-b LEN --minbranchlen=LEN
colapsar ramos com menos de LEN

--minbootstrap=INT
recolher ramos com valores de bootstrap menores que INT

Extraindo táxi nomes
-p NUM --prefixo do nome=NUM
Os nomes das folhas nas árvores Newick de entrada podem ser nomes de genes, não táxons. Então é
típico para extrair nomes de táxons de genes. Esta opção extrai um prefixo de NUM
caracteres para servir como o nome do táxon.

-s STR --namesep=STR
Uma alternativa para --prefixo do nome, STR fornece um conjunto de caracteres delimitadores, para
exemplo '-' ou '0123456789'. O nome do táxon é então um prefixo de comprimento variável de
cada nome de gene até, mas não incluindo qualquer caractere em STR.

-m ARQUIVO --namemap=ARQUIVO
Mesmo depois que os prefixos são extraídos, pode ser necessário usar uma tabela de pesquisa para
computar nomes de táxons, por exemplo, se vários genes / plasmídeos mapearem em um táxon. Esta opção
especifica um arquivo de texto com localizar / substituir entradas do formulário " ",
que são aplicados APÓS -s e -p.

Utilidade Modos
--rfdist
imprimir uma matriz de distância Robinson Foulds para as árvores de entrada

--setdiff
por conveniência, imprima a diferença definida entre arquivos cluster * .txt

--imprimir
simplesmente imprima um formulário conciso de cada árvore de entrada

--printnorms
simplesmente imprima uma forma concisa e NORMALIZADA de cada árvore de entrada

--consenso
imprimir uma árvore de consenso estrito para as entradas e, em seguida, sair

--Coincidindo
imprimir uma lista de nomes de árvores que correspondem a qualquer --realçar argumento

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