Este é o comando plast que pode ser executado no provedor de hospedagem gratuita OnWorks usando uma de nossas várias estações de trabalho online gratuitas, como Ubuntu Online, Fedora Online, emulador online do Windows ou emulador online do MAC OS
PROGRAMA:
NOME
plast - Ferramenta de Pesquisa de Alinhamento de Sequência Local Paralela
DESCRIÇÃO
plástico 2.3.1
- Data de compilação: 2016/02/09 09:47:45 - SO: Linux-4.3.0-1-amd64 - Compilador: / usr / bin / cc
(5.3.1) - CPU Host: 4 núcleos disponíveis
[*] denota argumento obrigatório.
-p [*]:
Nome do programa [plastp, tplastn, plastx, tplastx ou plastn]
-d [*]:
Arquivo de banco de dados de assunto
-i [*]:
Arquivo de banco de dados de consulta
-o : Arquivo de saída do relatório PLAST
-e : Valor de expectativa
-n : Tamanho da extensão sem lacuna de execução da vizinhança
-s : Limiar sem lacuna aciona uma pequena extensão com lacuna
-g : limite para pequena extensão com lacuna
-b : largura de banda para pequena extensão com intervalo
-a : Número de processadores a serem usados
-G : Custo para abrir uma lacuna
-E : Custo para estender uma lacuna
-xdrop-ungap :
Valor de queda de X para alinhamento sem lacuna (em bits) (zero invoca o comportamento padrão 20
pedaços)
-X : Valor de queda X para alinhamento com lacuna (em bits) (zero invoca o comportamento padrão)
-Z : Valor de queda X para o alinhamento final com lacuna em bits (0.0 invoca o comportamento padrão)
-limite de índice :
Limite de índice para calcular a similaridade entre os vizinhos
-F : Filtre a sequência de consulta
-M : Matriz de pontuação (BLOSUM62 ou BLOSUM50)
-fio :
fios para plastn: 'mais', 'menos' ou 'ambos' (padrão)
-r : recompensa por uma combinação de nucleotídeos (plastn)
-q : penalidade para uma incompatibilidade de nucleotídeos (plastn)
-force-query-ordem :
Força a ordenação das consultas no arquivo de saída.
-max-tamanho do banco de dados :
Tamanho máximo permitido (em bytes) para um banco de dados. Se for maior, o banco de dados é segmentado.
-max-hit-por-consulta :
Acessos máximos por consulta. O valor 0 descarregará todos os hits (padrão)
-max-hsp-por-hit :
Alinhamentos máximos por acerto. O valor 0 descarregará todos os hits (padrão)
-outfmt :
Formato de saída: 1 para tabulado (padrão), 2 para tubulado estendido, 4 para NCBI
Como uma explosão.
-lista de fios :
Lista das fitas (ex: "1,2,6") a serem usadas ao usar algo usando nucleotídeos
bases de dados.
-optim-codon-stop :
tamanho do intervalo permitido entre o último caractere inválido e a próxima parada
códon
-despachante de fábrica :
Fábrica que cria despachante.
-estatísticas de fábrica :
Fábrica que cria construtor de estatísticas.
-indexação de fábrica :
Fábrica que cria construtor de indexação.
-fábrica-hit-ungap :
Fábrica que cria o iterador de ocorrências de abertura.
-fábrica-hit-smallgap :
Fábrica que cria uma pequena lacuna atinge o iterador.
-fábrica-hit-fullgap :
Fábrica que cria lacuna total atinge o iterador.
-composição de sucesso de fábrica :
Fábrica que cria o iterador de hits de composição.
-resultado do intervalo de fábrica :
Fábrica que cria resultados de alinhamentos de lacunas.
-factory-unap-result :
Fábrica que cria o resultado de alinhamentos ungap.
-dividir :
Fábrica que cria um divisor de alinhamento. String: 'normal' ou 'em faixas' (padrão)
-optim-filtro-ungap :
Otimização que é filtrada por meio de alinhamentos ungap.
-gráfico de barras :
Exibe uma barra de progresso durante a execução.
-tamanho do gráfico de barras :
Nb de caracteres do gráfico de barras.
-arquivo de progressão :
Despeja em um arquivo a porcentagem de execução atual.
-verboso :
Exibir informações durante a execução do algoritmo.
-estatísticas completas :
Estatísticas do algoritmo de despejo.
-Estatísticas :
Despeje estatísticas genéricas.
-stats-fmt :
Formato das estatísticas: 'bruto' (padrão) ou 'xml'
-stats-auto :
Criação automática de arquivo de estatísticas
-alinhamento-progresso :
Despeje em um arquivo o número crescente de alinhamentos de abertura / abertura durante o algoritmo.
-recursos-progresso :
Despeja em um arquivo informações sobre recursos durante o algoritmo.
-plastrc :
Nome do caminho do arquivo de configuração do plast.
-xmlfiltro :
Uri de um arquivo de filtro XML.
-sementes-razão de uso :
Proporção de sementes a serem usadas.
-filtro de índice de sementes :
comprimento de sementes a ser usado para o filtro de indexação.
-arquivo de estatísticas de banco de dados de assunto completo :
Caminho do arquivo para as estatísticas do banco de dados completo de assuntos
-W : tamanho das sementes
-h : Socorro
Citando PLAST: Nguyen VH, Lavenier D. (2009) PLAST: ferramenta de pesquisa de alinhamento local paralelo
para comparação de banco de dados. BMC Bioinformatics, vol 10, no 329.
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