pegadinha - Online na nuvem

PROGRAMA:

NOME

brincadeira - Calcula alinhamentos probabilísticos de sequência múltipla

SINOPSE

pegadinha arquivo_de_sequência

pegadinha [parâmetros opcionais] -d =arquivo_de_sequência [parâmetros opcionais]

DESCRIÇÃO

O Kit de Alinhamento Probabilístico (PRANK) é um programa de alinhamento múltiplo probabilístico para
Sequências de DNA, códons e aminoácidos. É baseado em um novo algoritmo que trata
inserções corretamente e evita a superestimação do número de eventos de exclusão.

Além disso, o PRANK empresta ideias de métodos de máxima verossimilhança usados ​​em filogenética e
leva em consideração corretamente as distâncias evolutivas entre as sequências. Por último, PRANK
permite definir uma estrutura potencial para as sequências a serem alinhadas e, então,
simultaneamente com o alinhamento, prevê as localizações das unidades estruturais no
sequências.

OPÇÕES

ENTRADA / SAÍDA PARÂMETROS
-d =arquivo_de_sequência
O arquivo de sequência de entrada no formato FASTA.

-t =árvore_arquivo
O arquivo de árvore a ser usado. Se não estiver definida, uma árvore NJ estimada é gerada.

-o =arquivo de saída
Defina o nome do arquivo de saída. Se não estiver definido, arquivo de saída está definido para saída.

-f =Formato de saída
Defina o formato de saída. Formato de saída pode ser um de rápido (Padrão) filipos,
philips, Pamlou nexo.

-m =arquivo_modelo
O arquivo de modelo a ser usado. Se não estiver definido, arquivo_modelo está definido para HKY2 / WAG.

-Apoio, suporte
Calcule o suporte posterior.

-showxml
Arquivo xml de alinhamento de saída.

-mostra
Guia de alinhamento de saída.

-showanc
Saída de sequências ancestrais.

-mostre tudo
Produza tudo isso.

-sem âncoras
Não use a ancoragem Exonerate. (Exonere para ser instalado separadamente.)

-nomafft
Não use MAFFT para árvore-guia. (MAFFT deve ser instalado separadamente.)

-njtree Estimar a árvore a partir de um alinhamento de entrada (e realinhar).

-nomes curtos
Truncar nomes no primeiro caractere de espaço.

-quieto Reduza a produção.

ALINHAMENTO MERGE
-d1 =alinhamento_arquivo
O primeiro arquivo de alinhamento de entrada no formato FASTA.

-d2 =alinhamento_arquivo
O segundo arquivo de alinhamento de entrada no formato FASTA.

-t1 =árvore_arquivo
O arquivo de árvore para o primeiro alinhamento. Se não estiver definida, uma árvore NJ estimada é
gerado.

-t2 =árvore_arquivo
O arquivo de árvore para o segundo alinhamento. Se não estiver definida, uma árvore NJ estimada é
gerado.

MODELO PARÂMETROS
-F, +F Força as inserções a serem sempre ignoradas.

-gaprate =#
Defina a taxa de abertura do gap. O padrão é 0.025 para DNA e 0.005 para proteínas.

-gapext =#
Defina a probabilidade de extensão da lacuna. O padrão é 0.75 para DNA e 0.5 for
proteínas.

-códon Use o modelo de códon empírico para codificar o DNA.

-DNA, -proteína
Use DNA ou modelo de proteína, respectivamente. Desativa a detecção automática do modelo.

-intervalo
Penalize as lacunas terminais normalmente.

-nomisso
Sem dados ausentes. Usar -F para lacunas terminais.

-guarda Não remova as lacunas das sequências pré-alinhadas.

OUTROS PARÂMETROS
-iterate = #
Rodadas de iteração de realinhamento; por padrão, itere cinco vezes e mantenha o melhor
resultado.

-uma vez Execute apenas uma vez. O mesmo que -iterate = 1.

- ameixa
Remova os ramos da árvore guia sem dados de sequência.

-pruneddata
Remova os dados da sequência sem folhas da árvore-guia.

-uselogs
Mais lento, mas deve funcionar para um número maior de sequências.

-traduzir
Traduzir dados de entrada para sequências de proteínas.

-mttranslate
Traduzir os dados de entrada para a sequência de proteínas usando a tabela mt.

-converter
Não alinhe, apenas converta para um formato diferente.

-dna =dna_sequence_file
Arquivo de sequência de DNA para retrotradução do alinhamento de proteínas.

-Socorro Mostra uma página de ajuda estendida com mais opções.

-versão
Mostre a versão e verifique se há atualizações.

AUTORES

pegadinha foi escrito por Ari Loytynoja.

Esta página de manual foi originalmente escrita por Manuel Prinzmanuel@debian.org> para o Debian
projeto (e pode ser usado por outros).

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