probabel - Online na nuvem

PROGRAMA:

NOME

probabel - Wrapper em torno dos três binários ProbABEL, simplificando seu uso

SINOPSE

provável CHROM-INICIAR CHROM-STOP MÉTODO COORTE MODELO FENÓTIPO [OUTRAS OPÇÕES]

DESCRIÇÃO

provável é um wrapper em torno dos três binários do ProbABEL: palíneo, palogista e pacoxph.

É projetado para simplificar a execução de um Estudo de Associação de Todo o Genoma (GWAS), salvando o
o tempo precioso do usuário de duas maneiras:

1) executa a análise de regressão de todos os cromossomos de CHROM-INICIAR para CHROM-STOP.

2) Em contraste com os três binários mencionados acima, com provável o usuário não precisa
para especificar as localizações dos arquivos de dados genéticos necessários. A localização deles é central
gerenciado em um arquivo de configuração (/etc/probabel_config.cfg por padrão).

OPÇÕES

Exigido comando linha opções
CHROM-INICIAR
Número do cromossomo para iniciar a análise.

CHROM-END
Número do cromossomo no qual terminar a análise.

Observe que a análise de um único cromossomo pode ser executada especificando o mesmo número para
CHROM-INICIAR e CHROM-STOP. Na verdade, esta é a maneira de executar a análise para o X ou Y
cromossoma

MÉTODO Qual método de regressão usar, pode ser um dos linear, logístico, or Coxph.

COORTE O nome da coorte conforme definido no /etc/probabel_config.cfg Arquivo. Usando o
identificador de coorte do arquivo de configuração que os três binários reais do ProbABEL conhecem
onde encontrar os arquivos de informações genotípicas (arquivos de dosagem e / ou probabilidade
arquivos).

MODELO O modelo genético a ser usado. Pode ser qualquer um --aditivo para o modelo aditivo
(requer dados de genótipo na forma de dosagem), ou --todos os modelos para executar todos os modelos genéticos:
aditivo, recessivo, dominante, sobre-dominante e 2df.

FENÓTIPO
O nome do arquivo de fenótipo, sem sua extensão (que deve ser .PHE!).

Outros opções
Quaisquer opções listadas após as anteriores (obrigatórias) serão repassadas para o subjacente
binário: palíneo, palogista or pacoxph, dependendo do MÉTODO.

A opção mais comumente usada é o -o opção, seguida por um nome de arquivo, isso especifica
o início do nome do arquivo para os arquivos de saída.

Adicional opções
-h, --Socorro Obtenha ajuda adicional sobre como executar provável. Neste caso, nenhum do outro
opções precisam ser especificadas.

EXEMPLOS

Isso executa uma varredura de associação de todo o genoma usando regressão linear e a genética aditiva
modelo em coorte Meu_Grande_Coorte para fenótipo meu_fenótipo:

probabel 1 22 linear "My_Large_Cohort" --aditivo meu_fenótipo

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