Este é o comando pymol que pode ser executado no provedor de hospedagem gratuita OnWorks usando uma de nossas várias estações de trabalho online gratuitas, como Ubuntu Online, Fedora Online, emulador online do Windows ou emulador online do MAC OS
PROGRAMA:
NOME
pacote de modelagem e gráficos moleculares livres e flexíveis de pymol
SINOPSE
pimol [opções] [arquivos]
DESCRIÇÃO
Ao longo dos anos, o PyMOL se tornou um visualizador molecular capaz com suporte para animações,
renderização de alta qualidade, cristalografia e outras atividades gráficas moleculares comuns.
Foi adotado por muitas centenas (talvez até milhares) de cientistas espalhados
trinta países. No entanto, PyMOL ainda é um trabalho em andamento, com desenvolvimento
espera-se que continue nos próximos anos.
OPÇÕES
Estas opções são atualmente suportadas:
-2 Comece no modo de mouse de dois botões.
-c Modo de linha de comando, sem GUI. Para operações em lote.
-d corda
Execute a string de comando pymol na inicialização.
-e Comece no modo de tela inteira.
-f #linha
Controla a exibição de comandos e feedback em OpenGL (0=WOW!).
-g arquivo.png
Escreva um arquivo PNG (após avaliar os argumentos anteriores)
-i Desative o OpenGL GUI interno (lista de objetos, menus, etc.)
-l arquivo.py
Gerar um programa python em uma nova linha de execução.
-o Desative as proteções de segurança para arquivos de sessão.
-p Ouça os comandos na entrada padrão.
-q Lançamento silencioso. Suprima a tela inicial e outras conversas.
-r arquivo.py
Execute um programa Python (em __principal__) no arranque.
-s escrita
Salve comandos neste script PyMOL ou arquivo de programa.
-t Use o módulo GUI externo baseado em Tcl / Tk (pmg_tk).
-u escrita
Carregue e anexe a este script PyMOL ou arquivo de programa.
-x Desative o módulo externo da GUI.
-B Ativar sinal estéreo de linha azul (para Mac estéreo)
-G Comece no modo Jogo.
-M Força o mono mesmo quando o estéreo do hardware está presente.
-R Inicie o ouvinte XMLRPC de Greg Landrum.
-S Force e lance em estéreo, se possível.
-X int -Y int -W int -H int -V int
Ajuste a geometria da janela.
Todos arquivos fornecido será carregado ou executado após o PyMOL iniciar. Eles podem ter um dos
seguintes extensões:
Script de comando .pml PyMOL a ser executado na inicialização
.py [cm] Programa Python a ser executado na inicialização
.pdb Arquivo de formato de banco de dados de proteínas a ser carregado na inicialização
Formato .mmod Macromodel a ser carregado na inicialização
Arquivo .mol MDL MOL a ser carregado na inicialização
Arquivo .sdf MDL SD a ser analisado e carregado na inicialização
.xplor Arquivo de mapa X-PLOR (ASCII) a ser carregado na inicialização
Arquivo de mapa .ccp4 CCP4 (BINÁRIO) a ser carregado na inicialização
.cc [12] Arquivo de coordenadas cartesianas ChemDraw 3D
.pkl Modelo ChemPy em conserva (classe "chempy.model.Indexado")
Arquivo .r3d Raster3D
Arquivo .cex CEX (metafórica)
.top arquivo de topologia AMBER
.crd Arquivo de coordenadas AMBER
.rst arquivo de reinicialização AMBER
.trj trajetória AMBER
arquivo de sessão .pse PyMOL
Mapa de potencial eletrostático .phi Delphi / Grasp
Para obter uma lista de opções, você também pode inserir o seguinte na linha de comando do pimol:
ajudar de lançamento
COMANDOS
Consulte a documentação online do PyMols em
http://www.pymolwiki.org/index.php/Category: Comandos ou sua ajuda interna para um comando
referência.
Use pymol online usando serviços onworks.net
