quiver - Online na nuvem

PROGRAMA:

NOME

quiver - chamador de consenso genômico projetado para dados da Pacific Biosciences

DESCRIÇÃO

Aljava é um algoritmo para chamar um consenso altamente preciso de várias leituras do PacBio,
usando um par-HMM explorando tanto as chamadas básicas quanto as métricas de QV para inferir o verdadeiro fundamento
Sequência de DNA.

Data lima requisitos
Para fazer as chamadas de consenso mais precisas possíveis, Quiver faz uso de uma bateria de
métricas de valor de qualidade calculadas pelo basecaller. Se você estiver usando um SMRTportal
instalação versão 1.4 ou posterior, então SMRTportal irá carregar todas as informações Quiver
necessidades, então você pode pular o resto desta seção.

Nas versões 1.3.3 e anteriores do SMRTportal, por padrão, apenas um subconjunto desses valores de qualidade
estão incluídos no .cmp.h5 arquivos produzidos por SMRTanalysis. Para obter um .cmp.h5 com todo o
QVs carregados, você precisará usar o RS_Mapping_QVs protocolo para criar um cmp.h5 arquivo para
Tremor.

Se você estiver usando uma versão anterior ao SMRTportal / SMRTanalysis 1.3.3, atualize.

EXEMPLOS

Corrida Aljava
Por exemplo, nos

$ quiver -j8 align_reads.bam \
> -r caminho / para / lambda.fasta \
> -o variantes.gff -o consenso.fasta

usará 8 CPUs para rodar o Quiver alinhado_reads.bam, produzindo a sequência de consenso e
variantes.

Observe que se você estiver usando um arquivo cmp.h5 e não tiver usado o RS_Mapping_QVs protocolo para
gere esse arquivo --- ou se o arquivo de origem bas.h5 foi gerado pelo instrumento pré-1.3.1
software --- o cmp.h5 não conterá a bateria cheia de métricas QV necessárias para o ideal
Precisão do quiver. O comando ainda funcionará, mas dará um aviso de que seu
a precisão será abaixo do ideal.

Execute Aljava on Múltiplo Entrada Arquivos
Vários arquivos de alinhamento em um FOFN (Arquivo de Nomes de Arquivos) podem ser combinados com um único
referência (Consenso Genômico > = 1.1.0).

Um exemplo de entrada FOFN:

$ cat align_reads.fofn
/caminho/para/leitura1.bam
/caminho/para/leitura2.bam

pode ser usado em vez de um arquivo de leitura:

$ quiver -j8 align_reads.fofn \
> -r caminho / para / lambda.fasta \
> -o variantes.gff -o consenso.fasta

O Quiver também pode ser usado com arquivos XML DataSet. Consulte o pbcore para obter detalhes sobre a geração de novos
Arquivos XML DataSet para seus arquivos de alinhamento.

Altamente acurado montagem consenso
Quiver permite precisão de consenso em conjuntos de genoma em precisões que se aproximam ou mesmo
excedendo Q60 (um erro por milhão de bases). Se você usar o protocolo de montagem HGAP em
SMRTportal 2.0 ou posterior, Quiver é executado automaticamente como a etapa final de "polimento da montagem".

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