restringir - Online na nuvem

PROGRAMA:

NOME

restrito - Relata os locais de clivagem da enzima de restrição em uma sequência de nucleotídeos

SINOPSE

restringir -seqüência sequência -arquivo de dados arquivo de dados -marquivo arquivo de dados -sitelen número inteiro
-enzimas corda - min número inteiro -máximo número inteiro -solofragmento booleano -solteiro booleano
-cego booleano -pegajoso booleano -ambiguidade booleano -plasmídeo booleano
-metilação booleano -comercial booleano -limite booleano -alfabética booleano
- fragmentos booleano -nome booleano -arquivo de saída

restringir -Socorro

DESCRIÇÃO

restringir é um programa de linha de comando da EMBOSS (“the European Molecular Biology Open
Suite de software ”). Faz parte do (s) grupo (s) de comando "Nucleic: Restriction".

OPÇÕES

Entrada seção
-seqüência sequência

-arquivo de dados arquivo de dados

-marquivo arquivo de dados
Valor padrão: Emethylsites.dat

Exigido seção
-sitelen número inteiro
Isso define o comprimento mínimo do local de reconhecimento da enzima de restrição. Qualquer enzima
com sites mais curtos do que isso serão ignorados. Valor padrão: 4

-enzimas corda
O nome 'all' é lido em todos os nomes de enzimas do banco de dados REBASE. Você pode especificar
enzimas fornecendo seus nomes com vírgulas entre eles, como:
'HincII, hinfI, ppiI, hindiii'. O caso dos nomes não é importante. Você pode especificar um
arquivo de nomes de enzimas para ler, fornecendo o nome do arquivo que contém a enzima
nomes com um caractere '@' na frente, por exemplo, '@ enz.list'. Linhas em branco e
linhas que começam com um caractere hash ou '!' são ignorados e todas as outras linhas são
concatenado junto com um caractere vírgula ',' e, em seguida, tratado como a lista de
enzimas a serem pesquisadas. Um exemplo de arquivo de nomes de enzimas é:! minhas enzimas HincII,
ppiII! outras enzimas hindiii HinfI PpiI Valor padrão: todos

Avançado seção
- min número inteiro
Isso define o número mínimo de cortes para qualquer enzima de restrição que será
considerado. Quaisquer enzimas que cortem menos vezes do que isso serão ignoradas. Valor padrão:
1

-máximo número inteiro
Isso define o número máximo de cortes para qualquer enzima de restrição que será
considerado. Quaisquer enzimas que cortem mais vezes do que isso serão ignoradas. Valor padrão:
2000000000

-solofragmento booleano
Isso dá os comprimentos de fragmento da fita de sentido direto produzida por completo
restrição por cada enzima de restrição por conta própria. Os resultados são adicionados à cauda
seção do relatório. Valor padrão: N

-solteiro booleano
Se for definido, então isso força os valores dos qualificadores mincuts e maxcuts para
ambos são 1. Qualquer outro valor que você os tenha definido será ignorado. Valor padrão: N

-cego booleano
Isso permite que as enzimas que cortam na mesma posição no avanço e no reverso
fios a serem considerados. Valor padrão: Y

-pegajoso booleano
Isso permite que as enzimas que cortam em diferentes posições na frente e na ré
fios, deixando uma saliência, a serem considerados. Valor padrão: Y

-ambiguidade booleano
Isso permite que as enzimas que têm um ou mais códigos de ambigüidade 'N' em seu padrão
a ser considerado Valor padrão: Y

-plasmídeo booleano
Se estiver definido, isso permite pesquisas por locais de reconhecimento de enzimas de restrição e
posições de corte que abrangem o final da sequência a ser considerada. Valor padrão: N

-metilação booleano
Se isso for definido, os locais de reconhecimento de RE não corresponderão às bases metiladas. Predefinição
valor: N

-comercial booleano
Se isso for definido, então apenas as enzimas com um fornecedor comercial serão pesquisadas
para. Este qualificador é ignorado se você especificou uma lista explícita de enzimas para
procure, em vez de pesquisar 'todas' as enzimas no banco de dados REBASE. Isto
presume-se que, se você está pedindo uma enzima explícita, então provavelmente você sabe
de onde obtê-lo e assim todos os nomes de enzimas que você pediu para serem pesquisados,
e qual corte, será informado independentemente de haver fornecedor comercial ou não.
Valor padrão: Y

saída seção
-limite booleano
Isso limita o relato de enzimas a apenas uma enzima de cada grupo de
isosquizômeros. A enzima escolhida para representar um grupo isoschizomer é o protótipo
indicado no arquivo de dados 'embossre.equ', que é criado pelo programa
'rebaseextract'. Se você preferir diferentes protótipos para serem usados, faça uma cópia do
embossre.equ em seu diretório inicial e edite-o. Se este valor for definido como falso, então
todas as enzimas de entrada serão relatadas. Você pode querer definir isso como falso se você
estão fornecendo um conjunto explícito de enzimas ao invés de pesquisar 'todas' elas. Predefinição
valor: Y

-alfabética booleano
Valor padrão: N

- fragmentos booleano
Isso dá os comprimentos de fragmento da fita de sentido direto produzida por completo
restrição usando todas as enzimas de entrada juntas. Os resultados são adicionados à cauda
seção do relatório. Valor padrão: N

-nome booleano
Valor padrão: N

-arquivo de saída

Use a restrição online usando serviços onworks.net