Este é o comando run_mappers que pode ser executado no provedor de hospedagem gratuita OnWorks usando uma de nossas várias estações de trabalho online gratuitas, como Ubuntu Online, Fedora Online, emulador online do Windows ou emulador online do MAC OS
PROGRAMA:
NOME
run_mappers - executa um mapeador de leitura para mapear leituras para genomas de referência
SINOPSE
run_mappers NOMES LEITURA -i REF -o OUT -m MAPEADOR
DESCRIÇÃO
Execute um mapeador de leitura para mapear leituras para genomas de referência.
Os nomes no arquivo NAMES serão inseridos nos padrões de string fornecidos. Cada padrão
deve conter exatamente um marcador de posição "% s" (formatação de string python).
OPÇÕES
NOMES Nome do arquivo do arquivo de nomes; o arquivo de nomes de texto simples deve conter um nome por
linha. O nome é usado como identificador em todo o algoritmo.
LEITURA Arquivo contendo as leituras a serem mapeadas.
-h, --Socorro
mostre esta mensagem de ajuda e saia
-m MAPEADOR, --mapeador=MAPEADOR
Identificador do mapeador definido em core / tools.py [padrão: nenhum]
-i REFERÊNCIA, --índice=REF
Padrão, que aponta para as sequências / índices de referência quando usado com um nome.
O espaço reservado para o nome é "% s". [padrão: ./ref/%s.fasta]
-o FORA, --resultado=OUT
Padrão, que aponta para o arquivo SAM de saída, quando usado com um nome. Espaço reservado para
o nome é "% s". [padrão: ./SAM/%s.sam]
Use run_mappers online usando serviços onworks.net
