Este é o comando runPmv que pode ser executado no provedor de hospedagem gratuita OnWorks usando uma de nossas várias estações de trabalho online gratuitas, como Ubuntu Online, Fedora Online, emulador online do Windows ou emulador online do MAC OS
PROGRAMA:
NOME
pmv - Visualizador molecular Python
SINOPSE
executarPmv [opções]
DESCRIÇÃO
Esta página do manual é uma tradução quase literal da saída fornecida por executarPmv -h
comando.
OPÇÕES
Um resumo das opções está incluído abaixo. Para uma descrição completa, consulte o
tutoriais e documentação que está disponível online.
-h, --Socorro
Mostra o resumo das opções.
-a or --novamente
reproduzir o arquivo lastlog
--overwriteLog
sobrescrever arquivo de log
--uniqueLog
crie um arquivo de registro com um nome único
--noLog
desligue o registro
--noSplash
desligue a tela inicial
--morrer não inicie o loop de eventos da GUI
--personalizador lima
execute o arquivo especificado pelo usuário
--lib nome do pacote
adicione uma biblioteca de comandos
-v r, --visão corrida
executar redes de visão na linha de comando
-v o, --visão uma vez
executar redes de visão e sair do ADT
-d or --dmode modos
especificar um modo de exibição
modos podem ser qualquer uma combinação de modo de exibição
'cpk': cpk
'linhas': linhas
'ss': fita de estrutura secundária
'sb': paus e bolas
'lic': alcaçuz
'ms': superfície molecular
'ca': traço C-alfa
'bt': traço de backbone
'sp': CA-spline
'sssb': estrutura secundária para proteínas, bastões e bolas para outros resíduos
com linhas de ligação para outros resíduos sem ligações
-c or --cmodo modos
especifique um esquema de cores do modo de exibição:
'ca': cor por átomo
'cr': cor por resíduo (esquema RASMOL)
'cc': cor por cadeia
'cm': cor por molécula
'cdg': cor usando o esquema de David Goodsell
'cs': resíduos de cor usando esquema Shapely
'css': cor por elemento de estrutura secundária
--atualizar [todas as noites | testado | limpo]
Atualiza MGLTools. Se nenhum argumento for fornecido, a GUI do Update Manager será fornecida
'nightly': baixe e instale Nightly Builds
'testado': baixe e instale Nightly Builds testados
'limpar': limpar / desinstalar todas as atualizações
EXEMPLO:
exibir proteína como fita, não proteína como palitos e bolas e cor por tipo de átomo
pmv -i --dmode sssb --cmode cr meuprot.pdb
pmv -i -m sssb -c cr meuprot.pdb
Use runPmv online usando serviços onworks.net