Este é o comando seq-gen que pode ser executado no provedor de hospedagem gratuita OnWorks usando uma de nossas várias estações de trabalho online gratuitas, como Ubuntu Online, Fedora Online, emulador online do Windows ou emulador online do MAC OS
PROGRAMA:
NOME
seq-gen - Gerador de Sequência
SINOPSE
geração sequencial [-m MODELO] [-l #] [-n #] [-p #] [-s # | -d #] [-k #] [- c # 1 # 2 # 3 | -a # [-g #]]
[-fe | #] [-t # | -r #] [- z #] [-o [p] [r] [n]] [-w [a] [r]] [-x NOME] [-q] [-h] [treefile]
DESCRIÇÃO
Gerador de Sequência - seq-gen Versão 1.3.3
-l: # = comprimento da sequência [padrão = 1000].
-n: # = conjuntos de dados simulados por árvore [padrão = 1].
-p: # = número de partições (e árvores) por sequência [padrão = 1].
-s: # = fator de escala do comprimento do ramo [padrão = 1.0].
-d: # = escala total da árvore [padrão = usar comprimentos de galhos].
-k: # = usa a sequência k como ancestral (precisa de alinhamento) [padrão = aleatório].
Opções de modelo de substituição:
-m: MODELO = HKY, F84, GTR, JTT, WAG, PAM, BLOSUM, MTREV, GERAL
HKY, F84 e GTR são para nucleotídeos e o resto são para aminoácidos
-a: # = forma (alfa) para heterogeneidade de taxa gama [padrão = nenhum].
-g: # = número de categorias de taxa gama [padrão = contínuo].
-i: # = proporção de sites invariáveis [padrão = 0.0].
Opções específicas do modelo de nucleotídeo:
-c: # 1 # 2 # 3 = taxas para heterogeneidade de posição de códon [padrão = nenhum].
-t: # = razão transição-transversão [padrão = taxa igual].
-r: # 1 # 2 # 3 # 4 # 5 # 6 = matriz geral de taxas [padrão = todos 1.0].
-f: #A #C #G #T = frequências de nucleotídeos [padrão = todos iguais].
Opções específicas do modelo de aminoácidos:
especifique usando o pedido ARNDCQEGHILKMFPSTWYV
-r: # 1 .. # 190 = matriz de taxa geral [padrão = todos 1.0].
-f: # 1 .. # 20 = frequências de aminoácidos e = igual [padrão = freqs de matriz].
Opções diversas:
-z: # = semente para gerador de número aleatório [padrão = gerado pelo sistema].
-o: Formato do arquivo de saída [padrão = PHYLIP]
p formato PHYLIP r formato PHYLIP relaxado n formato NEXUS
-w: Escreva informações adicionais [padrão = nenhum]
a Grava sequências ancestrais para cada nó r Taxa de gravação para cada local
-x: NAME = um arquivo de texto para inserir após cada conjunto de dados [padrão = nenhum].
-h: Dê esta mensagem de ajuda
-q: Quieto
treefile: nome do arquivo de árvore [padrão = árvores em stdin]
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