sreformat - Online na nuvem

PROGRAMA:

NOME

sreformat - converte o arquivo de sequência para um formato diferente

SINOPSE

reformatar [opções] formato arquivo seq

DESCRIÇÃO

reformatar lê o arquivo de sequência arquivo seq em qualquer formato compatível, reformata-o em um novo
formato especificado por formato, em seguida, imprime o texto reformatado.

Os formatos de entrada suportados incluem (mas não estão limitados a) os formatos não alinhados FASTA,
Genbank, EMBL, SWISS-PROT, PIR e GCG e os formatos alinhados Stockholm, Clustal, GCG
MSF e Phylip.

Os códigos de formato de arquivo de saída não alinhado disponíveis incluem rápido (Formato FASTA); emblema
(Formato EMBL / SWISSPROT); Genbank (Formato Genbank); gcg (Formato de sequência única GCG);
gcgdata (Formato de banco de dados flatfile GCG); pir (Formato flatfile PIR / CODATA); cru (cru
sequência, nenhuma outra informação).

Os códigos de formato de arquivo de saída alinhados disponíveis incluem Estocolmo (Formato PFAM / Estocolmo);
msf (Formato GCG MSF); a2m (um formato FASTA alinhado); FILIP (Formato PHYLIP de Felsenstein);
e cluster (Formato Clustal V / W / X); e selex (o antigo SELEX / HMMER / Pfam anotado
formato de alinhamento);

Todos os três códigos são interpretados sem distinção entre maiúsculas e minúsculas (por exemplo, MSF, Msf ou msf, todos funcionam).

Arquivos de formato desalinhado não podem ser reformatados para formatos alinhados. No entanto, formatos alinhados
pode ser reformatado para formatos não alinhados - os caracteres de lacuna são simplesmente removidos.

Este programa foi originalmente nomeado reformatar, mas esse nome colide com um programa GCG de
o mesmo nome.

OPÇÕES

-d DNA; converter U's em T's, para garantir que uma sequência de ácido nucleico seja mostrada como DNA não
RNA. Ver -r.

-h Imprima uma breve ajuda; inclui o número da versão e um resumo de todas as opções, incluindo
opções de especialistas.

-l Minúsculas; converter todos os resíduos da sequência em minúsculas. Ver -você.

-n Para sequências de DNA / RNA, converte qualquer caractere que não seja RNA / DNA inequívoco (por exemplo
ACGTU / acgtu) para um N. Usado para converter códigos de ambigüidade IUPAC para N's, para software
que não pode lidar com todos os códigos IUPAC (alguns códigos de dobramento de RNA públicos, por exemplo). Se
o arquivo é um alinhamento, os caracteres de lacuna também não são alterados. Se as sequências são
não sequências de ácido nucleico, esta opção corromperá os dados de uma forma previsível
moda.

-r RNA; converter T's em U's, para garantir que uma sequência de ácido nucleico seja mostrada como RNA não
DNA. Ver -d.

-u Maiúsculas; converter todos os resíduos da sequência em maiúsculas. Ver -eu.

-x Para sequências de DNA, converta caracteres não IUPAC (como X's) em N's. Isso é para
compatibilidade com pessoas ignorantes que insistem em usar X em vez do IUPAC
caráter de ambigüidade N. (X é para ambigüidade em um resíduo de aminoácido).

Aviso: como o -n opção, o código não verifica se você está realmente fornecendo
DNA. Ele simplesmente converte literalmente os símbolos de DNA não IUPAC em N. Então, se você
acidentalmente dar sequência de proteína, ele converterá a maioria de todos os aminoácidos
resíduo de ácido a um N.

EXPERT OPÇÕES

--gapsym
Converta todos os caracteres de lacuna para . Usado para preparar arquivos de alinhamento para programas
com requisitos estritos para símbolos de lacuna. Só faz sentido se a entrada arquivo seq is
um alinhamento.

--informar
Especifique se o arquivo de sequência está em formato , em vez de permitir o programa
para detectar automaticamente o formato do arquivo. Exemplos comuns incluem Genbank, EMBL, GCG, PIR,
Stockholm, Clustal, MSF ou PHYLIP; consulte a documentação impressa para um completo
lista de nomes de formatos aceitos.

--mingap
If arquivo seq é um alinhamento, remova todas as colunas que contenham 100% de lacunas,
minimizando o comprimento total do alinhamento. (Muitas vezes útil se você extraiu
um subconjunto de sequências alinhadas de um alinhamento maior.)

--nenhuma lacuna
Remova quaisquer colunas alinhadas que contenham qualquer símbolo de lacuna. Útil como um prelúdio
para análises filogenéticas, onde você deseja apenas analisar colunas contendo 100%
resíduos, então você deseja remover todas as colunas com lacunas. Só faz sentido
se o arquivo for um arquivo de alinhamento.

--pfam Apenas para o formato de saída do alinhamento SELEX, coloque todo o alinhamento em um bloco
(não quebra em vários blocos). Isso é próximo ao formato usado internamente por
Pfam em Estocolmo e Cambridge.

--sam Tente converter os caracteres de lacuna para o estilo SAM da UC Santa Cruz, onde a. significa uma lacuna em
uma coluna de inserção e um - significa uma exclusão em uma coluna de consenso / correspondência. Apenas este
funciona para converter formatos de arquivo alinhados, e somente se o alinhamento já
adere à convenção SAM de maiúsculas para resíduos em consenso / correspondência
colunas e minúsculas para resíduos em colunas de inserção. Isso é verdade, por exemplo,
de todos os alinhamentos produzidos por versões antigas do HMMER. (HMMER2 produz alinhamentos
que aderem às convenções do SAM, mesmo na escolha de caracteres de lacuna.) Essa opção era
adicionado para permitir que os alinhamentos Pfam sejam reformatados em algo mais adequado para
construção do perfil HMM usando o software UCSC SAM.

--samfrac
Tente converter os caracteres de lacuna de alinhamento e casos de resíduos para UC Santa Cruz SAM
estilo, onde a. significa uma lacuna em uma coluna de inserção e um - significa uma exclusão em um
coluna de consenso / correspondência, e maiúsculas significa resíduos de correspondência / consenso e inferior
caso significa resiudes inseridos. Isso só funcionará para converter arquivos alinhados
formatos, mas ao contrário do --sam opção, funcionará independentemente de o arquivo
segue a convenção de resíduos de maiúsculas / minúsculas. Em vez disso, qualquer coluna contendo
mais do que uma fração de caracteres de lacuna é interpretado como uma coluna de inserção, e
todas as outras colunas são interpretadas como colunas correspondentes. Esta opção foi adicionada para permitir
Alinhamentos Pfam devem ser reformatados em algo mais adequado para o perfil HMM
construção usando o software UCSC SAM.

--wussify
Converter sequências de anotação de estrutura secundária de RNA (consenso e individual)
do antigo formato "KHS",> <, para a nova notação WUSS, <>. Se a notação já é
no formato WUSS, esta opção irá estragar tudo, sem aviso prévio. Apenas SELEX e
Os arquivos no formato Estocolmo têm marcação de estrutura secundária no momento.

--orvalho
Converta sequências de anotação de estrutura secundária de RNA a partir da nova notação WUSS, <>,
de volta ao antigo formato KHS,> <. Se a anotação já estiver no KHS, esta opção
irá corrompê-lo, sem aviso prévio. Apenas os arquivos de formato SELEX e Estocolmo têm
marcação de estrutura secundária.

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