Este é o comando tcodee que pode ser executado no provedor de hospedagem gratuita OnWorks usando uma de nossas várias estações de trabalho online gratuitas, como Ubuntu Online, Fedora Online, emulador online do Windows ou emulador online do MAC OS
PROGRAMA:
NOME
tcode - Identificar regiões codificadoras de proteínas usando a estatística Fickett TESTCODE
SINOPSE
código t -seqüência sequência -arquivo de dados arquivo de dados -janela número inteiro -degrau número inteiro -enredo alternancia
-arquivo de saída -gráfico xigrafo
código t -Socorro
DESCRIÇÃO
código t é um programa de linha de comando da EMBOSS (“the European Molecular Biology Open Software
Suíte"). Faz parte do (s) grupo (s) de comando "Nucleic: Geneinding".
OPÇÕES
Entrada seção
-seqüência sequência
-arquivo de dados arquivo de dados
O arquivo de dados padrão é Etcode.dat e contém probabilidades de codificação para cada base.
As probabilidades são para informações posicionais e composicionais. Predefinição
valor: Etcode.dat
Exigido seção
-janela número inteiro
Este é o número de bases de nucleotídeos sobre as quais a estatística TESTCODE será
realizada cada vez. A janela deslizará ao longo da sequência, cobrindo o mesmo
número de bases de cada vez. Valor padrão: 200
Avançado seção
-degrau número inteiro
A janela selecionada irá, por padrão, deslizar ao longo da sequência de nucleotídeos em três
bases de cada vez, retendo o quadro (embora o algoritmo não seja sensível ao quadro).
Isso pode ser alterado para aumentar ou diminuir o incremento do slide. Valor padrão:
3
saída seção
-enredo alternancia
Na seleção, um gráfico da sequência (eixo X) traçado contra a pontuação de codificação (Y
eixo) será exibido. A sequência acima da linha verde está codificando, aquela abaixo da linha vermelha
linha não é codificadora. Valor padrão: N
-arquivo de saída
-gráfico xigrafo
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