Este é o comando TMalign que pode ser executado no provedor de hospedagem gratuita OnWorks usando uma de nossas várias estações de trabalho online gratuitas, como Ubuntu Online, Fedora Online, emulador online do Windows ou emulador online do MAC OS
PROGRAMA:
NOME
TMalign - alinhamento da estrutura da proteína
SINOPSE
Tmalign estrutura.pdbalvo.pdb[opções]
DESCRIÇÃO
TMalign realiza um alinhamento estrutural de proteínas. O alinhamento é pontuado pelo TM-
algoritmo de pontuação.
OPÇÕES
Quando iniciado sem opções, um resumo dos comandos é fornecido. Com duas estruturas de proteínas
apresentados como argumentos, o TM-score usa o comprimento da segunda proteína para ser
normalizado. O alinhamento estrutural final é invariável para qualquer uma das opções abaixo.
-L número normaliza a pontuação TM por um comprimento atribuído (em aa)
-a normaliza a pontuação TM pelo comprimento médio das duas estruturas
-b normaliza a pontuação TM pelo comprimento da mais curta das duas estruturas
-c normaliza a pontuação TM pelo comprimento da mais longa das duas estruturas
-o nome do arquivo Execute o TM-align e produza a superposição para 'filename.sup' e
'filename.sup_all'. Os arquivos de saída servem como scripts para o programa rasmol. Para
ver as estruturas sobrepostas da chamada de regiões alinhadas
'rasmol -script TM.sup' Para visualizar as estruturas sobrepostas de todas as regiões
'rasmol -script TM.sup_all'.
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