Este é o comando tqs que pode ser executado no provedor de hospedagem gratuita OnWorks usando uma de nossas várias estações de trabalho online gratuitas, como Ubuntu Online, Fedora Online, emulador online do Windows ou emulador online do MAC OS
PROGRAMA:
NOME
tqs - Sequências Solexa-Illumina de qualidade de acabamento
SINOPSE
Leituras de sequência de corte de qualidade solexa-Illumina usando limites definidos pelo usuário.
OPÇÕES
-h, --ajuda
mostre esta mensagem de ajuda e saia
-f SEQFILE, --sequence file = SEQFILE
Arquivo de sequência Illumina - Formato de saída do 1G Genome Analyzer (_seq.txt):
7 1 255 669
AACCCCCACTCCTACAACGCCATCATTCCCCTCGAC
-q QUALFILE, --qual file = QUALFILE
Um arquivo prb contendo todas as intensidades Illumina, conforme saída do 1G
Analisador de genoma (_prb.txt)
-l MER, --length = MER
Comprimento das leituras de sequência (ou seja, número de ciclos de sequenciamento, padrão = 36)
-t THRESHOLD, --threshold = THRESHOLD
Valor do limite de intensidade básica (-40 a 40, padrão = 5)
-d DIFF, --difference = DIFF
Diferença de intensidade de base entre a intensidade superior e a segunda melhor (1 a 80,
padrão = 5)
-c CONSEC, --consec = CONSEC
Número mínimo de bases consecutivas que ultrapassam os valores de limite (padrão = 20)
-v, --verboso
É executado no modo Detalhado.
Use tqs online usando serviços onworks.net
