Este é o comando trimseqe que pode ser executado no provedor de hospedagem gratuita OnWorks usando uma de nossas várias estações de trabalho online gratuitas, como Ubuntu Online, Fedora Online, emulador online do Windows ou emulador online do MAC OS
PROGRAMA:
NOME
trimseq - Remover caracteres indesejados do início e do final da (s) sequência (s)
SINOPSE
trimseq -seqüência sequência [-janela número inteiro] [-por cento flutuar] [-rigoroso booleano]
[-Estrela booleano] -esquerda booleano -certo booleano -outseq seqoutall
trimseq -Socorro
DESCRIÇÃO
trimseq é um programa de linha de comando da EMBOSS (“the European Molecular Biology Open
Suite de software ”). Faz parte do (s) grupo (s) de comando "Editar".
OPÇÕES
Entrada seção
-seqüência sequência
Adicional seção
-janela número inteiro
Isso determina o tamanho da região que é considerada ao decidir se o
porcentagem de ambigüidade é maior que o limite. Um valor de 5 significa que um
região de 5 letras na sequência é deslocada ao longo da sequência a partir das extremidades e
o corte é feito apenas se houver uma porcentagem maior ou igual de ambigüidade do que o
porcentagem limite. Valor padrão: 1
-por cento flutuar
Este é o limite da porcentagem de ambigüidade na janela necessária para
apare uma sequência. Valor padrão: 100.0
-rigoroso booleano
Em sequências nucleicas, elimine não apenas N's e X's, mas também o nucleotídeo IUPAC
códigos de ambigüidade M, R, W, S, Y, K, V, H, D e B. Em sequências de proteínas, não eliminar
apenas X's, mas também B e Z. Valor padrão: N
-Estrela booleano
Em sequências de proteínas, apare não apenas os X, mas também o valor padrão de *: N
Avançado seção
-esquerda booleano
Valor padrão: Y
-certo booleano
Valor padrão: Y
saída seção
-outseq seqoutall
Use trimseqe online usando serviços onworks.net
