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PROGRAMA:

NOME

vecscreen - encontre segmentos de ácido nucléico de possível origem vetorial

SINOPSE

tela vec [-] [-d str] [-f N] [-i nome do arquivo] [-o nome do arquivo]

DESCRIÇÃO

tela vec é um sistema para identificar rapidamente segmentos de uma sequência de ácido nucleico que pode
ser de origem vetorial. NCBI desenvolvido tela vec para minimizar a incidência e o impacto de
contaminação de vetores em bancos de dados de sequências públicas. Uso da equipe de anotações do GenBank tela vec
para verificar se as sequências enviadas para inclusão no banco de dados estão livres de
sequência de vetores contaminantes. Qualquer sequência pode ser rastreada para contaminação do vetor usando
tela vec.

tela vec pesquisa uma consulta por segmentos que correspondam a qualquer sequência em uma
banco de dados vetorial redundante (UniVec). A pesquisa usa BLAST com parâmetros predefinidos para
detecção ideal de contaminação do vetor. Os segmentos da consulta que correspondem ao vetor
as sequências são categorizadas de acordo com a força da correspondência e suas localizações são
exibido (ver exemplo de resultado positivo).

tela vec é projetado para verificar rapidamente uma sequência de ácido nucleico quanto à presença de vetor
contaminação e para mostrar quais segmentos dentro da sequência podem ser de origem do vetor.
Embora um tela vec pesquisa no UniVec não irá identificar o vetor que é o mais
provável fonte de contaminação, isso geralmente pode ser deduzido da história de clonagem
do DNA sequenciado.

OPÇÕES

Um resumo das opções está incluído abaixo.

- Imprimir mensagem de uso

-d str Banco de dados (padrão = UniVec)

-f N Formato de saída:
0 formato HTML, com alinhamentos (padrão)
1 formato HTML, sem alinhamentos
2 Lista de texto, com alinhamentos
3 lista de texto, sem alinhamentos

-i nome do arquivo
Arquivo de consulta (padrão = stdin)

-o nome do arquivo
Arquivo de saída de relatório VecScreen (padrão = stdout)

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