Este é o comando wordfindere que pode ser executado no provedor de hospedagem gratuita OnWorks usando uma de nossas várias estações de trabalho online gratuitas, como Ubuntu Online, Fedora Online, emulador Windows online ou emulador MAC OS online
PROGRAMA:
NOME
localizador de palavras - Combine sequências grandes com uma ou mais outras sequências
SINOPSE
localizador de palavras -uma sequência conjunto de sequências -seqüência sequência [-arquivo de dados matrizf] -gapopen flutuar
-gapextend flutuar [-largura número inteiro] [-palavra número inteiro] [-limitmatch número inteiro]
[-limitalign número inteiro] [-baixa correspondência número inteiro] [-lowalign número inteiro] -arquivo de saída alinhar
[-arquivo de erros arquivo de saída]
localizador de palavras -Socorro
DESCRIÇÃO
localizador de palavras é um programa de linha de comando da EMBOSS (“the European Molecular Biology Open
Suite de software ”). Faz parte do (s) grupo (s) de comando "Alinhamento: Local".
OPÇÕES
Entrada seção
-uma sequência conjunto de sequências
-seqüência sequência
-arquivo de dados matrizf
Este é o arquivo de matriz de pontuação usado ao comparar sequências. Por padrão, é o
arquivo 'EBLOSUM62' (para proteínas) ou o arquivo 'EDNAFULL' (para sequências nucleicas). Esses
os arquivos encontram-se no diretório 'data' da instalação do EMBOSS.
Exigido seção
-gapopen flutuar
Valor padrão: @ ($ (acdprotein)? 30.0: 30.0)
-gapextend flutuar
Valor padrão: @ ($ (acdprotein)? 1.5: 1.5)
Adicional seção
-largura número inteiro
Valor padrão: 16
-palavra número inteiro
Valor padrão: 6
-limitmatch número inteiro
-limitalign número inteiro
-baixa correspondência número inteiro
-lowalign número inteiro
saída seção
-arquivo de saída alinhar
-arquivo de erros arquivo de saída
Arquivo de erro a ser gravado no valor padrão: wordfinder.error
Use wordfindere online usando serviços onworks.net
