xcrysden - Online na nuvem

PROGRAMA:

NOME

xcrysden - visualizador de estrutura cristalina e molecular

SINOPSE

xcrysden [opções especiais]
xcrysden [opções especiais] opções de formato lima|anuário

DESCRIÇÃO

XCrySDenGenericName é um programa de visualização de estrutura cristalina e molecular, que visa
exibição de isosuperfícies e contornos, que podem ser sobrepostos a estruturas cristalinas
e girado e manipulado interativamente.

SPECIAL OPÇÕES

-h
--Socorro
Exibir mensagem de ajuda.

-v
--versão
Exibe informações sobre a versão do programa.

-u id
--usar id
Carregue o XCrySDen incorporado na janela do contêiner com window-ID =id.

-r escurecer
- reduzido escurecer
Reduza a dimensão periódica do arquivo XSF para escurecer. Deve ser especificado antes --xsf opção,
por exemplo, xcrysden -r 2 --xsf lima.

-c lima
--personalizadas lima
Carregar definições personalizadas de um arquivo especificado (a sintaxe é a de
~ / .xcrysden / definições personalizadas).

-a lima
--atributos lima
Carrega atributos do arquivo. O formato do arquivo de atributos é o seguinte:

ELEMENTO COR
número atômico1 red1 blue1 green1
número atômico2 red2 blue2 green2
...
ELEMENTRÁDIO
número atômico1 raio1
número atômico2 raio2
...

-l lima
--luzes lima
Carrega os parâmetros das luzes do arquivo formatado das luzes do XCrySDen.

FORMATO OPÇÕES

--xsf lima
Carregar estrutura do arquivo formatado XCrySDen's-Structure-File (XSF).

--animxsf lima
--axsf lima
Carregar estruturas do arquivo formatado Animated-XCrySDen's-Structure-File (AXSF).

--bxsf lima
Carregue as bandas do arquivo BXSF (Band-XSF) e visualize o Fermi Surface.

--xml lima
--xyz lima
Carrega a estrutura do arquivo formatado em XYZ.

--pdb lima
Carregue a estrutura do arquivo formatado em PDB.

--gzmat lima
Carregue a estrutura da matriz Z gaussiana (requer o programa Open-Babel).

--gaussian_out lima
--gxx_out lima
--g98_out lima
Carregue a estrutura do arquivo de saída gaussiano. Apenas cálculo de ponto único e
a execução de otimização é suportada até agora. Para a execução de otimização, é possível
renderizar todas as estruturas que foram produzidas durante a execução.

--cubo lima
--gXX_cube lima
--g98_cubo lima
Carregue a estrutura do arquivo de cubo Gaussiano. O arquivo do cubo deve ser produzido com o
Cubo = opção de cartões. Apenas arquivos de cubo escalar são suportados, ou seja, Cubo = (Cartões, Densidade)
ou Cubo = (Cartas, Orbitais) ou Cubo = (Cartas, Potencial). Consulte o manual GAUSSIAN para o
significado dessas palavras-chave.

--cristal_inp lima
Estrutura de carga de CRYSTAL (http://http: //www.crystal.unito.it/) Arquivo de entrada.

--cristal_f9 lima
Estrutura de carga de CRYSTAL (http://http: //www.crystal.unito.it/) unidade 9 de fortran.

--wien_struct cabeça de arquivo|lima|anuário
Estrutura de carga de WIEN2k (http://www.wien2k.at/) arquivo de estrutura, onde:

cabeça de arquivo = nome do arquivo de estrutura sem .struct extensão,
lima = nome do arquivo,
anuário = nome do diretório de caso.

--wien_kpath anuário|arquivo de estrutura
Leia struct arquivar e renderizar a primeira zona Brillouin com pontos k especiais. K-path pode ser
selecionado interativamente clicando com o mouse nos k-points especiais. O usuário deve especificar EMIN
e EMAX energias e número total de pontos k ao longo do caminho. Este número é meramente
uma estimativa do número total de k-pontos, uma vez que o XCrySDen tenta ficar muito uniforme
amostragem de k-pontos ao longo do caminho (não especifique o número máximo permitido de WIEN2k de k-
pontos, uma vez que o XCrySDen pode gerar alguns pontos a mais).

--wien_renderdensidade anuário
Leia struct, saída e rho arquivos e renderiza estrutura cristalina e pré-computada
densidade de carga.

--wien_densidade direcória
A região 2D ou 3D para o cálculo da densidade de carga é escolhida interativamente por
clique do mouse. XCrySDen gera in5 arquivo (s), calcula e processa densidade de carga
tanto como isolinhas / planos de cores (2D) ou isosuperfícies (3D).

--wien_fermisurface anuário
Abra uma janela de tarefas para a criação de superfície Fermi. Depois de várias etapas, o Fermi
superfície é (esperançosamente) desenhada como isosuperfície 3D.

--fhi_inpini lima
Estrutura de carga de FHI98MD inp.ini arquivo formatado.

--fhi_coord lima
Estrutura de carga de FHI98MD coordenar arquivo formatado.

--pwi
--pw_inp lima
Estrutura de carga de pw.x entrada arquivo. pw.x é um programa de ondas planas pseudopotencial de
a distribuição Quantum-ESPRESSO (http://www.quantum-espresso.org/).

--pwo
--pw_out lima
Estrutura de carga de pw.x saída arquivo. pw.x é um programa de ondas planas pseudopotencial de
a distribuição Quantum-ESPRESSO (http://www.quantum-espresso.org/).

-s escrita
--roteiro escrita
Carrega o script do arquivo que contém o script Tcl.

Use xcrysden online usando serviços onworks.net