Este é o aplicativo Linux denominado COGsoft, cuja versão mais recente pode ser baixada como COGsoft.04.19.2012.tgz. Ele pode ser executado online no provedor de hospedagem gratuita OnWorks para estações de trabalho.
Baixe e execute online este aplicativo chamado COGsoft with OnWorks gratuitamente.
Siga estas instruções para executar este aplicativo:
- 1. Baixe este aplicativo em seu PC.
- 2. Entre em nosso gerenciador de arquivos https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX com o nome de usuário que você deseja.
- 3. Carregue este aplicativo em tal gerenciador de arquivos.
- 4. Inicie o emulador OnWorks Linux online ou Windows online ou emulador MACOS online a partir deste site.
- 5. No sistema operacional OnWorks Linux que você acabou de iniciar, acesse nosso gerenciador de arquivos https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX com o nome de usuário que deseja.
- 6. Baixe o aplicativo, instale-o e execute-o.
COGsoft
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DESCRIÇÃO
Software para fazer clusters de grupos ortólogos (apresentando o novo algoritmo EdgeSearch). Ref. Mais recente: Kristensen DM, Kannan L, Coleman MK, Wolf YI, Sorokin A, Koonin EV, Mushegian A. Bioinformatics 2010.Recursos
- Uma descrição dos pontos fortes / fracos dos diferentes métodos: Kristensen DM, Wolf YI, Mushegian AR, Koonin EV. Métodos computacionais para inferência da Gene Orthology. Brief Bioinform. Set 2011; 12 (5): 379-91. Epub 2011, 19 de junho. http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/21690100
- Referência de algoritmo: Kristensen DM, Kannan L, Coleman MK, Wolf YI, Sorokin A, Koonin EV, Mushegian A. Um algoritmo de baixo polinômio para montar clusters de grupos ortólogos de melhores correspondências simétricas intergenômicas. Bioinformática. 2010 de junho de 15; 26 (12): 1481-7. Epub 2010, 2 de maio. http://bioinformatics.oxfordjournals.org/cgi/content/abstract/btq229?ijkey=zD7TIWnncGvDGYE&keytype=ref
- Revisão boa / completa de ortólogos / COGs: Koonin EV. Ortólogos, parálogos e genômica evolutiva. Annu Rev Genet. 2005; 39: 309-38. http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/16285863
- Artigo COG original: Tatusov RL, Koonin EV, Lipman DJ. Uma perspectiva genômica sobre famílias de proteínas. Ciência. 1997 de outubro de 24; 278 (5338): 631-7. http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/9381173
- Banco de dados COG: Tatusov RL, Galperin MY, Natale DA, Koonin EV. O banco de dados COG: uma ferramenta para análise em escala de genoma das funções e evolução das proteínas. Nucleic Acids Res. 2000 de janeiro de 1; 28 (1): 33-6. http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/10592175
- Site da página do laboratório Koonin: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/research/groups/koonin/
- Site oficial de FTP: ftp.ncbi.nih.gov/pub/wolf/COGs/COGsoft/ (embora, no momento, o leia-me aponte apenas para a página do sourceforge)
Público
Ciência / Pesquisa
Interface com o usuário
Linha de comando
Linguagem de Programação
C + +
Este é um aplicativo que também pode ser obtido em https://sourceforge.net/projects/cogtriangles/. Ele foi hospedado no OnWorks para ser executado online da maneira mais fácil a partir de um de nossos Sistemas Operativos gratuitos.