Este é o aplicativo Linux denominado BarraCUDA Fast Short Read Aligner, cuja versão mais recente pode ser baixada como barracuda_0.7.107h.tar.gz. Ele pode ser executado online no provedor de hospedagem gratuita OnWorks para estações de trabalho.
Baixe e execute online este aplicativo chamado BarraCUDA Fast Short Read Aligner com OnWorks gratuitamente.
Siga estas instruções para executar este aplicativo:
- 1. Baixe este aplicativo em seu PC.
- 2. Entre em nosso gerenciador de arquivos https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX com o nome de usuário que você deseja.
- 3. Carregue este aplicativo em tal gerenciador de arquivos.
- 4. Inicie o emulador OnWorks Linux online ou Windows online ou emulador MACOS online a partir deste site.
- 5. No sistema operacional OnWorks Linux que você acabou de iniciar, acesse nosso gerenciador de arquivos https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX com o nome de usuário que deseja.
- 6. Baixe o aplicativo, instale-o e execute-o.
SCREENSHOTS
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BarraCUDA Fast Short Read Alinhador
DESCRIÇÃO
Barracuda é um alinhador de sequência de alta velocidade baseado no BWA da Sanger e utiliza a mais recente arquitetura Nvidia CUDA para acelerar alinhamentos de leituras de sequência gerados por sequenciadores de próxima geração.
Funcionalidades
- Problemas corrigidos com a compilação do software no Ubuntu 16.04
- Ajuste: o limite de 8 núcleos do SAMPE foi levantado
- Software mapeador de leitura de sequenciamento de índice FM usando aceleração NVIDIA CUDA
- Saídas em formato SAM para análises downstream
- Requer placa de vídeo NVIDIA com capacidade de computação 3.5 ou superior e pelo menos 1 GB de VRAM
- Requer kit de ferramentas NVIDIA CUDA SDK 6.x ou superior e driver NVIDIA 340 ou superior
- BarraCUDA é publicado no BMC Research Notes 2012, 5:27, doi: 10.1186 / 1756-0500-5-27
- URL do papel: http://www.biomedcentral.com/1756-0500/5/27
- Este projeto é apoiado pelo centro de excelência CUDA da Universidade de Cambridge
Público
Ciência / Pesquisa
Interface com o usuário
Linha de comando
Linguagem de Programação
C ++, C
Categorias
Este é um aplicativo que também pode ser obtido em https://sourceforge.net/projects/seqbarracuda/. Ele foi hospedado no OnWorks para ser executado online da maneira mais fácil a partir de um de nossos Sistemas Operativos gratuitos.
