Este é o aplicativo Linux denominado FOCUS, cuja versão mais recente pode ser baixada como FOCUS_0.31_python_2.7.XX.zip. Ele pode ser executado online no provedor de hospedagem gratuita OnWorks para estações de trabalho.
Baixe e execute online este aplicativo chamado FOCUS with OnWorks gratuitamente.
Siga estas instruções para executar este aplicativo:
- 1. Baixe este aplicativo em seu PC.
- 2. Entre em nosso gerenciador de arquivos https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX com o nome de usuário que você deseja.
- 3. Carregue este aplicativo em tal gerenciador de arquivos.
- 4. Inicie o emulador OnWorks Linux online ou Windows online ou emulador MACOS online a partir deste site.
- 5. No sistema operacional OnWorks Linux que você acabou de iniciar, acesse nosso gerenciador de arquivos https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX com o nome de usuário que deseja.
- 6. Baixe o aplicativo, instale-o e execute-o.
SCREENSHOTS
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FOCUS
DESCRIÇÃO
FOCUS, uma composição inovadora e ágil baseada no uso de mínimos quadrados não negativos para traçar o perfil e relatar organismos abundantes presentes em amostras metagenômicas e sua abundância relativa sem dependências do comprimento da sequência. O programa foi testado com metagenomas simulados e reais, e os resultados mostram que nossa abordagem prevê os organismos em comunidades aleatórias.Disponibilidade e implementação: o código implementado em Python pode ser encontrado aqui e em um servidor da web em http://edwards.sdsu.edu/FOCUS.
Dependências: Água-viva, Numpy e Scipy.
Cite o FOCUS
Silva, GGZ, DA Cuevas, BE Dutilh, e RA Edwards, 2014: FOCUS: um modelo sem alinhamento para identificar organismos em metagenomas usando mínimos quadrados não negativos. PeerJ, 2, e425, doi: 10.7717 / peerj.425.
Funcionalidades
- Metagenomas
- Riqueza
- Uniformidade
Este é um aplicativo que também pode ser obtido em https://sourceforge.net/projects/metagenomefocus/. Ele foi hospedado no OnWorks para ser executado online da maneira mais fácil a partir de um de nossos Sistemas Operativos gratuitos.
